Exp Ther Med：加权基因共表达网络分析发现泛素介导的蛋白水解为葡萄膜黑色素瘤潜在生物标志物
2019-02-13 MedSci MedSci原创
广西医科大学第三附属医院皮肤科的Yang M和乐山市人民医院眼科的Wan Q等人近日在Exp Ther Med杂志上发表了一篇重要的工作。葡萄膜黑色素瘤（UM）是一种影响全世界人群的肿瘤。尽管已经有研究进行UM的基因表达分析，但仍然缺乏针对这种类型癌症的系统共表达分析研究。他们通过生物信息学的方法，对人类葡萄膜黑色素瘤测序数据进行了共表达分析。
广西医科大学第三附属医院皮肤科的Yang M和乐山市人民医院眼科的Wan Q等人近日在Exp Ther Med杂志上发表了一篇重要的工作。葡萄膜黑色素瘤（UM）是一种影响全世界人群的肿瘤。尽管已经有研究进行UM的基因表达分析，但仍然缺乏针对这种类型癌症的系统共表达分析研究。他们通过生物信息学的方法，对人类葡萄膜黑色素瘤测序数据进行了共表达分析。
从Genome Expression Omnibus数据库上获得UM样品的微阵列数据（GSE44295）。通过加权基因共表达网络分析构建共表达模块。对重要模块的共表达基因进行功能富集分析。
他们总共从58个人的UM样品中，挑选5，000个基因构建了7个共表达模块。这些模块中的基因数量从73到3，051个，平均为711个.模块之间的相互作用分析显示，存在显着性差异。功能富集分析表明，模块2主要富集与转录调节相关的信号途径。另外，模块2-4在泛素介导的蛋白水解途径中显着富集，表明它在UM的发生和发展中起关键作用。
这项研究的发现为人类研究UM提供了共表达基因模块的框架，并在功能层面对这些模块进行详细的阐述。这对了解UM发病机制中涉及的分子机制和细胞途径十分重要，对于开发更有效的诊断和治疗策略也极为重要。
原文出处：
Yang， M.， et al.， Coexpression modules constructed by weighted gene co-expression network analysis indicate ubiquitin-mediated proteolysis as a potential biomarker of uveal melanoma. Exp Ther Med， 2019. 17(1)： p. 237-243.
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