Brief Bioinform：个体化分析差异表达的miRNAs及其在肺癌组织中的应用
2017-11-06 MedSci MedSci原创
识别癌症样品和正常对照之间差异表达的微小RNAs（DE miRNA）是探究癌发生机制的常用方法。然而，基于人群水平检测到的DE miRNA，则并不清楚它是否是特定癌症样本中的DE。本研究中，基于发现miRNA对的样品内相对表达序列在特定类型的正常组织中高度稳定而在相应的癌症组织中则被广泛破坏，因此，研究人员提出了称为RankMiRNA的方法，以确定癌组织与正常组织的DE。用肺癌和肝癌的癌组织和相邻
识别癌症样品和正常对照之间差异表达的微小RNAs（DE miRNA）是探究癌发生机制的常用方法。然而，基于人群水平检测到的DE miRNA，则并不清楚它是否是特定癌症样本中的DE。
本研究中，基于发现miRNA对的样品内相对表达序列在特定类型的正常组织中高度稳定而在相应的癌症组织中则被广泛破坏，因此，研究人员提出了称为RankMiRNA的方法，以确定癌组织与正常组织的DE。用肺癌和肝癌的癌组织和相邻正常组织的配对的miRNA表达谱评估显示RankMiRNA的表现优异。
最后，研究人员在至少90％的肺癌组织中发现miRNA DE举例说明了个体水平差异表达分析的应用，其被定义为肺癌的常见DE miRNAs。在用RankMiRNA从癌症基因组图谱中鉴定出每个991个肺癌样品的DE miRNA后，研究人员发现， 90％以上的 991例肺癌样本中hsa-mir-210的表达上调，而hsa-mir-490和hsa-mir-486的表达下调。这些常见的DE miRNAs在不同平台测量的癌组织和相邻正常组织的独立配对样本中验证。
总之，RankMiRNA为我们提供了一种新的工具来寻找一种癌症的常见和亚型特异性miRNAs，使我们能够以一种新的方式研究癌症机制。
原始出处：
Yan H, Cai H, Guan Q, et al., Individualized analysis of differentially expressed miRNAs with application to the identification of miRNAs deregulated commonly in lung cancer tissues. Brief Bioinform. 2017 Feb 23. doi: 10.1093/bib/bbx015.
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