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Sci Rep:吸烟与COPD烟雾暴露小鼠肺组织转录组的比较

2018/8/11 作者:MedSci   来源:MedSci原创 我要评论3
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人和动物模型的肺组织中全基因组mRNA谱可以提供对慢性阻塞性肺病(COPD)的发病机理的新见解。虽然广泛使用6个月的烟雾暴露,但也报告了较短的持续时间。目前尚未充分了解小鼠短期和长期烟雾暴露的重叠,并且它们对人类的影响尚不确定。

从GEO获得六个鼠吸烟实验(n = 48)的肺组织基因表达谱,并分析以鉴定鼠吸烟特征。含有386个基因的“人类吸烟”基因标签先前已在肺eQTL研究中发表(n = 1,111)。在同一研究中也鉴定出含有7种基因的轻度COPD的特征。 “严重COPD”(n = 70)的肺组织基因特征包含4,071个基因并且之前已发表。

我们在6个月暴露小鼠数据集中检测到3,723个差异表达的基因(FDR <0.1)。其中,184个基因(占人类吸烟的48%)和1,003个(占人类COPD的27%)分别与人类吸烟相关基因和COPD严重程度相关基因相同。人和小鼠吸烟相关基因的过度表现有4倍(P = 6.7×10-26),在严重的COPD相关基因中有1.4倍(P = 2.3×10-12)。在轻度COPD特征中,小鼠和人类吸烟相关基因没有显着富集。

这些数据表明小鼠烟雾模型可代表人类吸烟的分子过程,但较少代表COPD。

原始出处:

Obeidat M, Dvorkin-Gheva A, et al., The Overlap of Lung Tissue Transcriptome of Smoke Exposed Mice with Human Smoking and COPD. Sci Rep. 2018 Aug 8;8(1):11881. doi: 10.1038/s41598-018-30313-z.



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