EHA 2024 | 最新摘要抢先看：基因组光学图谱技术（OGM）解析急性T淋巴细胞白血病基因组结构变异

急性T淋巴细胞白血病（T-ALL）是一种源于胸腺中未成熟的T淋巴细胞的血液系统恶性肿瘤，占儿童急性淋巴细胞白血病约15%和成人急性淋巴细胞白血病约25%的病例，其临床特点包括循环白细胞计数增高、肝脾肿大、出血倾向及中枢神经系统浸润等。T-ALL的发病机制涉及多基因和多步骤的复杂协同作用，伴随多种分子及信号传导途径异常，因此，仅聚焦于单个或少数基因的传统研究策略已无法满足当前科研需求。

基因组光学图谱技术（Optical Genome Mapping, OGM）技术能够在单一检测中捕捉全基因组的结构和数量变异，涵盖缺失、重复以及平衡/不平衡的基因组重排等。2024年欧洲血液学协会（EHA）官网预发表的一项研究摘要，探讨了OGM技术是否能作为现有诊断手段的补充，以识别新的基因异常，进而改进T-ALL的分型。

该研究纳入了来自西班牙血液病项目92例T-ALL患者的冷冻细胞样本，从中提取高分子量DNA。利用Bionano Genomics的Access软件1.7.2版本处理原始数据，设定标准及定制筛选条件（结构变异[SV]阈值≥6kb，拷贝数变异[CNV]阈值≥500kb），并结合SNP阵列（CytoScanT HD, Thermofisher）获取的核型（n=92）和CNV（n=84）数据进行验证。

研究结果显示，OGM检测到2,421个基因组变异，其中75%被选择进行详细分析。这些变异中，41%为非编码区域变化，59%影响编码区，而在编码区变异中，45%被归类为意义不确定，38%为明确致病，17%可能致病。

按变异类型划分，缺失变异（del）占59%，染色体间易位占16%，重复（dup）占13%，插入占7%，染色体内易位占4%，倒位占1%，这些变异在患者间的分布呈现多样性（见图1）。

在CNV和缺失/增益的检测上，OGM展现了高度的重现性，与传统细胞遗传学方法相比，OGM检测到更多遗传改变。研究重点分析了在≥4例患者中频繁出现的遗传变异，确认了影响CDKN2A/CDKN2B基因的del(9)(p21.3)（41.3%）为T-ALL中最常见的结构变异。其他频繁的CNV包括影响RPL22基因的del(1)(p36.31)（14.1%），这是队列中记录的最小变异（21，36Kb）。利用OGM的高敏感度和高分辨率，相较于SNP阵列，我们额外识别了影响LTA和TNF基因的del(6)(p21.33)（5.4%）的患者。

对于染色体重排，OGM揭示了两个主要的染色体间易位：t(10;14)(q24.31;q11.2)导致的TLX1NB-TCRA融合基因，占9.8%，t(10;11)(p12.31;q14.2)产生的MLLT10-PICALM融合基因，占6.5%。OGM还帮助重新界定了遗传复杂性并揭示了复杂的染色体事件，如检测到t(7;10;14)(q34;q24.31;q11.2)和t(4;9;22)(q35.1;q34.12;q11.23)，分别关联到TLXINB-TCRA和TCRB-TLX1NB融合基因以及ABL1-BCR融合基因。

总结而言，OGM技术能够同时分析同一标本中的CNV和SV，且与SNP-a数据相比，两者在CNV检测上具有高度一致性。OGM技术在识别T-ALL中可能影响疾病发展的新型结构变异（如倒位和复杂重排）方面表现出色，为鉴定具有潜在预后意义的新型复杂基因型提供了有力工具。

参考资料

OPTICAL GENOME MAPPING (OGM) AS A NEW GENETIC DIAGNOSTIC TOOL FOR T-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA (T-ALL).https://library.ehaweb.org/eha/2024/eha2024-congress/420426/idoia.vzquez.optical.genome.mapping.28ogm29.as.a.new.genetic.diagnostic.tool.for.html?f=menu%3D6%2Abrowseby%3D8%2Asortby%3D2%2Ace_id%3D2552%2Aot_id%3D29189%2Amarker%3D5101%2Afeatured%3D18498