项目简介
项目名称
拟南芥基因转录调控关系的识别方法研究
项目批准号
31100953
学科分类
C060702
生命科学部
_遗传学与生物信息学
_生物信息学
_生物信息算法及工具
资助类型
生命科学
负责人
郑小琪
依托单位
上海师范大学
批准年份
2011
起止时间
201201-201412
批准金额
20.00万元
摘要
转录调控关系的识别是理解基因转录调控机理的重要环节。染色质免疫共沉淀实验和微阵列技术是识别转录因子靶基因的两类实验方法，然而它们普遍存在费用高、无法实现高通量识别等缺陷。因此，开发有效的计算预测方法具有重要的实际意义。本项目以模式植物拟南芥为研究对象，以现有的转录调控关系和基因表达数据为基础，利用计算数学、生物信息学的工具开发拟南芥转录因子结合位点和调控关系识别的新方法。内容包括：(1) 研究基因共调控与共表达、功能相似性等之间的关系，改进现有的拟南芥基因共调控聚类方法，并通过motif识别工具的比较与整合，提高对拟南芥motif识别的准确性；(2) 研究转录因子与其靶基因的表达模式关系，综合提取表达谱、序列及结构信息构建拟南芥"转录因子-靶基因"预测的机器学习模型，得到高可信的motif和转录调控数据，并进行实验验证。本项目可以为理解拟南芥转录调控机理、构建基因调控网络提供理论基础。
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