项目简介
项目名称
量子生物学
项目批准号
30525037
学科分类
c0508
生命科学部
_生物物理、生物化学与分子生物学
_生物物理、生物化学与分子生物学研究的新方法与新技术
资助类型
生命科学
负责人
肖奕
依托单位
华中科技大学
批准年份
2005
起止时间
200601-200912
批准金额
100.00万元
摘要
蛋白质折叠的机制是生物物理学中没有解决的一个重大基础问题。预测蛋白质三级结构目前还是非常困难。关键原因是还不完全清楚蛋白质的一级结构是如何编码它的三级结构和折叠方式。我们在下述几个方面取得了进展：1）在对称蛋白质序列与结构关系研究中，建立了一套分析蛋白质序列和结构对称性的方法，系统地研究了对称蛋白质序列与结构的关系，一般性地证明了具有对称三级结构的蛋白质的序列都具有同样的对称性，或者说序列的对称性决定结构的对称性，提出了蛋白质结构对称性形成的可能机制，初步从计算上证明了对称蛋白质分子的子结构可以独立折叠。 2）在蛋白质折叠的分子动力学模拟研究中，发现了传统分子动力学方法采样低的真正原因，提出了改进方法。借助传统全原子和联合残基分子动力学方法对典型beta发卡多肽的折叠过程进行了大规模的模拟，在此基础上提出了beta发卡折叠的统一模型。提出了蛋白质构象自由能计算中路径构建问题的一种解决方法，准确地计算了beta发卡各局部稳定结构和天然态的相对稳定性。3）蛋白质－蛋白质对接研究中用原子溶剂可及模型取代几何匹配模型，使对接精度明显提高，并在CAPRI中取得较好成绩。
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