MJ：对决定间日疟原虫多样性的因素进行鉴定
2017-07-16 MedSci MedSci原创
目前从东南亚输入到中国的间日疟原虫病例趋势近年来急剧增加，特别是中缅边界地区。与变化的传播强度相关的间日疟原虫种群的高重组率可能会导致不同的局部选择压力。然而目前关于该地区间日疟原虫遗传变异性的信息很少。因此，本研究评估了CMB区域间日疟原虫基因组序列的遗传多样性，旨在提供新基因座位上的阳性选择的信息。
近日，国际杂志 《MJ》在线发表一项关于全基因组扫描鉴定阳性选择下的间日疟原虫基因的研究。
目前从东南亚输入到中国的间日疟原虫病例趋势近年来急剧增加，特别是中缅边界地区。与变化的传播强度相关的间日疟原虫种群的高重组率可能会导致不同的局部选择压力。然而目前关于该地区间日疟原虫遗传变异性的信息很少。因此，本研究评估了CMB区域间日疟原虫基因组序列的遗传多样性，旨在提供新基因座位上的阳性选择的信息。
本项研究通过对CMB区域中的间日疟原虫的全基因组调查，采用来自当地患者的血液样本来确定人群特异性选择性过程。结果表明，在一些重要的基因家族中，所测序的间日疟原体分离株之间有相当大的遗传多样性和平均配对差异。使用标准化综合单倍型分数（| iHS |）对SNP高于1％分布的染色体区域中的所有SNP进行分析，观察到最高得分位点共涉及356个基因，其中大部分与红细胞侵袭和免疫逃避相关。此外，还应用XP-EHH进行检测，并在高阳性评分列表中观察到与抗疟疾耐药性相关的一些重要基因。这一结果表明，CMB区的间日疟原虫面临比任何其它区域更大的生存压力，并导致与宿主-疟原虫相互作用相关的基因的强阳性选择。
本研究表明，CMB区域间日疟原虫的遗传多样性较高，入侵和耐药基因阳性选择信号较为符合CMB区域疟疾消除项目中药物使用史。此外，该结果还表明基于单倍型的检测选择可以协助全基因组方法对决定间日疟原虫多样性的因素进行鉴定。
原始出处：
Hai-Mo
ShenShen-Bo Chen, et al.Genome-wide scans for the identification of Plasmodium
vivax genes under positive selection.
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