奥密克戎新亚株BA.4与XE争雄,谁会成为新一波主宰?XE传播速度比BA.2可能快21%,而不是10%
2022-04-10 MedSci原创 MedSci原创
奥密克戎与前一代Delta完全不一样!自从一出生,就几大特异功能:
奥密克戎与前一代Delta完全不一样!自从一出生,就几大特异功能:
1 迅速在全球层面取代Delta,几乎是迅雷不及掩耳之势,横扫几大洲。由于R0超高,导致整个感染十分迅速,在大多数放松防控的国家和地区,感染从上升和下降,均只需要1个月左右,也意味着2个月就能将大部分人感染。
这也是为什么吴尊友教授说:同期奥密克戎虽然毒力小,但是感染人数超多,因此,同期造成的死亡人数,可能不低于德尔塔的原因。事实上,德尔塔由于R0并不是特别高,因此,从取代原始alpha株花了相当多时间,到2021年夏天成为主流株,但是到去年12月份又被奥密克戎干掉。即使是这样,德尔塔整个持续时间是远远长于奥密克戎,带来的危害也大于奥密克戎。只是奥密克戎速战速决,在极短时间内的造成的死亡人数并不少,但是,会以较快速度消退下来。
2 奥密克戎从BA.1,迅速演变为BA.2为主导。BA.2的R0高达10,似乎接近了病毒传播的极限。因此,一直有一个议题:奥密克戎是不是新冠的终极形态?每个专家都有不同的意见。有些专家认为RNA病毒善变,奥密克戎同样只是过度形态,未来还会有新的名称的病毒出现;也有专家认为奥密克戎进化到BA.2,已接近病毒极限,未来很难再有新形式的突变能超越,因此,奥密克戎可能是新冠的终极形态。
然后,从2021年12月初到现在,短短5个月时间,奥密克戎从BA.1到BA.2,以及刚刚曝光的XE,给人眼花瞭乱之感。XE的传播速度比BA.2又高10%以上!XE还没有完全占主导,现在又出现BA.4和BA.5。BA.5也发现于博茨瓦纳。
目前WHO最关心的两个突变是XE和BA.4,这两个突变最有可能会取代BA.2,成为主流突变株。但是XE和BA.4,将来哪个占主导,还是同步传播,目前还不可知。
但梅斯医学认为,未来有可能,随着时间推移,奥密克戎通过不断重组,不断变异,占住着人类的地球,成为COVID-19的终极形态。
一、新的奥密克戎突变亚株:BA.4,来头不小!
BA.4首先在南非发现,目前占南非9%的感染率,现在正在稳步上升。目前在美国和波多黎各,丹麦,英国,德国均有发现。
BA.4是BA.1和BA.3重组而成,其突变形式如下:
图:不同Omicron重组示意图
BA.4是 BA.1 和 BA.3 之间的重组。 BA.3 贡献了从 5' 端延伸到复制复合物 NSP3 基因中间的基因组部分(约 2,000 个氨基酸)。 其余部分似乎由 BA.1 贡献。
同时,BA.4还有两个独特的突变,分别发生NSP15 (N11S)和Spike蛋白的N末端 (L212I),可能是病毒重组后进一步突变的结果。关于不同突变的主要功能,可以见这里:Medrxiv:强大新冠奥密克戎变异毒株XE,BA.1与BA.2到底如何重组,又有哪些突变?例如NSP15突变,可能导致病毒的免疫逃逸能力进一步增强。L212I突变则有可能增强其感染能力和传播能力。这是为什么BA.1与BA.3虽然都没有竞争过BA.2,但并不代表BA.4也是失败者一样,因为除了常规突变外,又增加了两个新的突变位点。
图:南非的确诊每日病例分布曲线
图:南非的疫情曲线
从南非的曲线来看,随着前一波奥密克戎消退后,本来应该进入平静期,但是目前来看,疫情有再次抬头的风险。具体可能还需要等待数日。一方面,上一波疫情刚刚消退,感染人群仍然有较好的免疫能力。因此,即使是BA.4,也未必能很好地传播开来。另一方面,BA.4是BA.1和BA.3的重组,但是无论是BA.1还是BA.3,都没有打过BA.2,但是,BA.4两个新的突变位点会带来哪些变化,还有待观察。因此,BA.4能否脱颖而出,尚是未知数。
图:BA.4的传播示意图
图:BA.5的传播范围还很局限
更新数据:XE老少通吃,XE传播速度比BA.2快12.6%,最终会快21%左右
XE目前随着感染人数越来越多,发现它与Omicron前代一样,男女老幼均容易感染。有关XE,梅斯此前有多次报道,可以见:XE变异株:目前哪些国家发现了?会成造成下一波疫情海啸么?和奥密克戎新毒株XE出现,是BA.1与BA.2的合体,比BA.2的传播还快10%!
图:XE感染的人群的年龄与性别分布
此前英国的统计数据认为XE比BA.2传播速度快9.8%,那是整个样本量仅600多例的基础上统计出来的,随着传播的加速。
图:XE在英国不同地区传播的情况
截至 2022 年 3 月 30 日的最新数据,XE传播速度比BA.2每周快12.6%。在未来的 3 周内,XE 的增长优势每周将超过BA.2 20.9%!
图:XE的传播与BA.2对比
截至 2022 年 4 月 5 日,英国数据中有 1,179 个 XE 病例,英格兰有 1,125 个 XE 病例。
传播速度越快就危害越大吗?
看下面这张图,不管是哪种突变株,最终感染人数是有限的。如果传播速度慢,则传播的时间就会长,而传播越快,传播时间就越短。
英格兰地区看到Delta传播了近200天就会达感染极限,而BA.2一般在60-90天。但是未知的奥密克戎变异株可能更厉害,50天以内就能达到传播极限。
图:不同突变累积病例情况
Omicron会不会突变后,危害一定越来越轻了吗?
按科学道理上,病毒随着不断进化,毒力应该越来越轻。例如,最近发现XE感染以后,大多数是无症状者,甚至比现在的BA.2还要轻。
但是并不排除也有部分可能进化为毒力更大的病毒。Omicron的毒力弱于Delta,一个重要的原因是缺少L452R突变,然而,在实验室中成功合成了Omicron-L452R,证明其毒力远远大于目前的Omicron,文章发表在3月份的Signal Transduction and Targeted Therapy上。那么自然界同样是容易通过重组获得L452R突变的。
例如前阵子没有传播开来的Delta与Omicron重组而成的XD,感染者100%都是有症状的,说明毒力相当大。但是由于其传播能力不强,因此,很难形成广泛传播。
因此,梅斯医学认为,仍然有一定程度可能会出现毒力较大的突变株的可能,尤其是随着病毒的多重重组和不断的突变。
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