加权基因共表达网络分析揭示了与肺动脉高压相关的枢纽基因
2023-02-09 刘少飞 MedSci原创 发表于上海
研究了枢纽基因和免疫细胞浸润之间的相关性。最后，构建了一个大鼠HPH模型，并利用Western blotting分析验证了生物信息学分析的准确性。
研究背景
肺动脉高压（PH）是一种心肺血管疾病，急性危害人类健康，并可能是致命的。它进展迅速，死亡率高。它的病理生理学很复杂，仍未完全阐明；因此，实现治疗上的突破很困难。
研究方法及结果
在这项研究中，从基因表达总库（GEO）的GSE24988、GSE113439和GSE117261数据集中提取了58名正常对照组和135名PH患者的数据，并筛选出差异表达的基因（DEGs）。此外，还进行了基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）的途径富集分析。加权基因共表达网络分析（WGCNA）被用来识别与PH相关的关键模块和枢纽基因。确定了八个与PH相关的枢纽基因。此外，还进行了免疫细胞浸润和枢纽基因之间的相关性分析，接受者操作特征（ROC）曲线显示，TARDBP具有最佳的诊断功效。
另外，我们还建立了大鼠缺氧性肺动脉高压（HPH）模型，并利用Western blotting检测验证了枢纽基因在HPH大鼠肺部和肺动脉的表达。我们的结果显示，mTOR、PSMD2、RBM8A、SMARCA4、TARDBP和UBXN7在肺部高度表达。此外，与对照组相比，EFTUD2、mTOR、RBM8A、SMARCA4、TARDBP和UBXN7在HPH大鼠的肺动脉中明显上调，而DDB1则明显下调。
研究结论：
总之，我们通过对GEO数据库的数据进行WGCNA，确定了具有诊断和预测价值的PH中心基因。此外，我们提供了关于PH的新见解，可能被用来评估潜在的生物标志物基因和治疗目标。
参考文献：
Wang S, Sun D, Liu C, Guo Y, Ma J, Ge RL, Cui S. Weighted gene co-expression network analysis reveals the hub genes associated with pulmonary hypertension. Exp Biol Med (Maywood). 2023 Feb 5:15353702221147557. doi: 10.1177/15353702221147557. Epub ahead of print. PMID: 36740764.
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