Nat Gene：沙眼衣原体全基因组序列公布
2012-04-02 张笑 中国科学报
3月份出版的《自然—遗传学》刊登了剑桥大学研究人员的的一份报告，该论文公布了沙眼衣原体的全基因组序列。沙眼衣原体是一种人体病原体，除了能引发沙眼这种可致盲疾病，还能引发性传播流行疾病。 Simon Harris和同事对53种沙眼衣原体进行了全基因组测序和对比。为保证临床标本的多样化，他们从1959年至2009年间发生的多种流行病中挑选出了这些病原体。利用测序数据，他们为该病原体建立了一套更精
3月份出版的《自然—遗传学》刊登了剑桥大学研究人员的的一份报告，该论文公布了沙眼衣原体的全基因组序列。沙眼衣原体是一种人体病原体，除了能引发沙眼这种可致盲疾病，还能引发性传播流行疾病。
Simon Harris和同事对53种沙眼衣原体进行了全基因组测序和对比。为保证临床标本的多样化，他们从1959年至2009年间发生的多种流行病中挑选出了这些病原体。利用测序数据，他们为该病原体建立了一套更精确的全基因组系统学研究，分析并重建了沙眼衣原体的进化史，这对流行病传播监测以及病原体种类构成和病株多样性的鉴定具有潜在意义。
研究人员同时发现，通过对ompA这种可对主要外膜蛋白编码的基因进行分型后，所得到的沙眼衣原体单个基因传统诊断结论，在病株分型和遗传相关性推论方面具有一定局限性。他们建议对该基因组中更多的基因座进行分型，以保证病株分型能更精确.
Whole-genome analysis of diverse Chlamydia trachomatis strains identifies phylogenetic relationships masked by current clinical typing
Simon R Harris, Ian N Clarke, Helena M B Seth-Smith, Anthony W Solomon, Lesley T Cutcliffe, Peter Marsh, Rachel J Skilton, Martin J Holland, David Mabey, Rosanna W Peeling, David A Lewis, Brian G Spratt, Magnus Unemo, Kenneth Persson, Carina Bjartling, Robert Brunham, Henry J C de Vries, Servaas A Morré, Arjen Speksnijder, Cécile M Bébéar, Ma?té Clerc, Bertille de Barbeyrac, Julian Parkhill，Nicholas R Thomson
Chlamydia trachomatis is responsible for both trachoma and sexually transmitted infections, causing substantial morbidity and economic cost globally. Despite this, our knowledge of its population and evolutionary genetics is limited. Here we present a detailed phylogeny based on whole-genome sequencing of representative strains of C. trachomatis from both trachoma and lymphogranuloma venereum (LGV) biovars from temporally and geographically diverse sources. Our analysis shows that predicting phylogenetic structure using ompA, which is traditionally used to classify Chlamydia, is misleading because extensive recombination in this region masks any true relationships present. We show that in many instances, ompA is a chimera that can be exchanged in part or as a whole both within and between biovars. We also provide evidence for exchange of, and recombination within, the cryptic plasmid, which is another key diagnostic target. We used our phylogenetic framework to show how genetic exchange has manifested itself in ocular, urogenital and LGV C. trachomatis strains, including the epidemic LGV serotype L2b.
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