Science：在“垃圾DNA”中发现潜在癌症病源

人类基因组中仅有 1% 到 2% 的是负责蛋白质编码的基因，其余非编码区域早先被认为是毫无用处的“垃圾 DNA”。但是，美、英等国研究人员最近在这个“垃圾”区域中找到近百个乳腺癌与前列腺癌的潜在“导火索”，显示了研究“垃圾 DNA”对了解癌症的重要性。 【原文下载】

美国耶鲁大学、英国韦尔科姆基金会桑格研究所（Wellcome Trust Sanger Institute）等机构的研究人员3日在《科学》杂志上报告说，随着个人基因组测序的成本直线下降，进行测序的人数迅速增加，解读他们基因组中的突变、尤其是非编码区的突变，已成为当前医学界面临的挑战。

研究人员利用大型国际科研合作项目“***基因组项目”获得的基因变异数据，结合另一个国际合作项目“DNA 元素百科全书（ENCODE）”的信息，开发出一种新方法，在“垃圾 DNA”中筛选可能导致癌症的突变，也就是癌症的潜在“导火索”。

参与研究的耶鲁大学博士生傅垚表示，此前的癌症研究主要关注基因，但最新研究发现，非编码序列的突变也可导致癌症。这改变了人们对癌症的认识，也激发了科学家对非编码序列研究的热情。

傅垚等人发现，“垃圾 DNA”中一些序列像基因一样在人群中很少突变，受到很强的选择压力，这些序列因此被称为“超敏感”区域。她说，一般而言，发生在这些区域的突变更可能具有危害性，所以这一发现能帮助癌症研究人员缩小研究范围，加快对癌症非编码序列的研究。

研究人员将上述筛选致癌突变的方法，应用到90名乳腺癌或前列腺癌患者的基因组测序数据中，结果在“垃圾 DNA”中找到近百个可能的致癌“导火索”。其中，位于“超敏感”区域一个碱基的变化，有可能对乳腺癌的发展造成重大影响。

傅垚说，对非编码区的研究能帮助人们全面了解癌症的起因和发展，并将有助于癌症药物的开发。

原文检索

Khurana E, Fu Y, Colonna V, Mu XJ, Kang HM, Lappalainen T, Sboner A, Lochovsky L, Chen J, Harmanci A, Das J, Abyzov A, Balasubramanian S, Beal K, Chakravarty D, Challis D, Chen Y, Clarke D, Clarke L, Cunningham F, Evani US, Flicek P, Fragoza R, Garrison E, Gibbs R, Gümüs ZH, Herrero J, Kitabayashi N, Kong Y, Lage K, Liluashvili V, Lipkin SM, Macarthur DG, Marth G, Muzny D, Pers TH, Ritchie GR, Rosenfeld JA, Sisu C, Wei X, Wilson M, Xue Y, Yu F; 1000 Genomes Project Consortium, Dermitzakis ET, Yu H, Rubin MA, Tyler-Smith C, Gerstein M.Integrative Annotation of Variants from 1092 Humans: Application to Cancer Genomics.Science. 2013 Oct 4;342(6154):1235587. 【原文下载】