Nat Neurosci：张毅等利用空间转录组技术绘制小鼠前额叶皮层全新细胞图谱，并解析疼痛相关细胞
使用MERFISH (multiplexed error-robust FISH) 空间转录组技术【3】构建了小鼠前额叶皮层和其附近皮层的细胞图谱，系统的研究了不同神经细胞亚型的分布特征和分子组成，并
brainnew神内神外 - 疼痛，前额叶皮层，张毅，空间转录组技术 - 2023-11-04
A&R：尿液蛋白质组学和肾脏单细胞转录组学提示白细胞介素16在狼疮肾炎中的作用
与没有系统性红斑狼疮的对照组相比，该研究确定了237个与狼疮性肾炎相关的尿液生物标志物。白细胞介素16 (IL-16)、CD163和转化生长因子β反映了肾内肾炎的活性。
MedSci原创 - 肾脏，蛋白质组学，狼疮肾炎，尿液，资讯，单细胞组学，白细胞介素16 - 2022-05-19
笔记收藏：影像组学/放射组学
近期在不同的学术会议上，有幸聆听学习了几位影像组学的大咖做报告，受益匪浅。以大咖们的报告为指导，自己也学习查找了一些文献，加入了一点点自己的理解和想法，整理成一篇笔记，与大家分享。名词解释：影像组学（Radiomics) “影像组学”，一共4个字，每个字都是常见字啊。但4个字放一起啥意思？好吧，我们把它们拆成“影像”和“组学”两个词来说。这里的“影像”通常指的就是放
MedSci原创 - 影像组学，放射组学 - 2018-07-25
Genome Res：变分图卷积自编码器框架——PAST，可融合外部参考数据进行空间转录组数据降维分析
该模型不仅可以有效提取空间转录组数据的低维表示特征，辨识空间功能区域（Spatial Domains），还能够促进数据可视化、发育轨迹推断和伪时序分析等多种下游任务。
测序中国 - 空间转录组 - 2023-11-09
European Radiology:胰腺导管腺癌的转录亚型与CT放射组学评分的相关性
放射组学是一种非侵入性的影像学方法，用于从医学图像的感兴趣区域提取多维信息。之前的试点研究表明，使用基于CT的放射组学模型对PDAC进行亚型分析有一定的诊断价值。
MedSci原创 - 胰腺导管腺癌，放射组学 - 2023-02-02
Nature：基因组和转录组学揭示乳腺癌的新的10个亚组分类法
4月18日，Nature杂志发表了乳腺癌的一张“新地图”，确认了10个不同的疾病亚型，是基于基因活性进行确认的，这张新地图将会彻底改变乳腺癌的诊断和治疗。该结果来自于全球最大的乳腺癌基因分析课题。 这项研究意义非凡，著名的乳腺癌专家Martine Piccart教授讲到，目前乳腺癌的分类分型过于简单，使得我们在选择病人的治疗上无法达到最优。我一点都不感到惊讶，乳腺癌不止4种分型，而至少有10种亚
生物谷 - 肿瘤，癌症，乳腺癌 - 2012-04-20
A&R：具有组织学和临床相关性的青少年局部硬皮病皮肤的转录组学评价
这项研究是采用RNA测序(RNA-Seq)比较患青少年LS的儿童皮肤活检组织与健康儿童对照的转录组差异.
MedSci原创 - 2021-10-08
PLOS ONE：西方饮食诱导的非酒精性脂肪性肝炎的脂质组学和转录组学分析
非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是世界上最常见的慢性肝病，特别是在肥胖和2型糖尿病患者中。 NAFLD的严重程度范围可以从良性脂肪变性到非酒精性脂肪性肝炎（NASH），NASH还可以发展为肝硬化，原发性肝细胞癌（HCC）和肝功能衰竭。因此，NAFLD已成为一个主要的公共卫生问题。
MedSci原创 - 西方饮食，非酒精性脂肪肝 - 2019-04-05
Science Translational Medicine：单细胞转录组学鉴定体内HIV-1的原胸腺酶α限制
本文研究结果确定原胸腺酶α是体内限制HIV-1感染的宿主因子，这对病毒传播和治疗策略具有重要意义。
MedSci原创 - HIV-1，单细胞转录组学 - 2023-08-30
Nature Biotechnology：深度视觉蛋白质组学：对单个癌细胞空间表征，发现癌症治疗新靶点
尽管基于成像和基于质谱的空间蛋白质组学方法取得了许多进展，但将成像与单细胞分辨率蛋白质丰度测量联系起来仍然是一个挑战。
“生物世界”公众号 - 癌细胞，蛋白质组学 - 2022-05-26
Front Pharmacol：通过转录组学和网络特征预测前列腺癌的协同药物组合研究
在过去的几十年里，药物开发一直以一个靶标对应一个药物的策略为主。尽管靶向治疗极大地改变了癌症的治疗方法，但将药物局限于单一靶点的做法缺乏考虑致病因素的复杂性。此外，由于基因的异质性变异和功能冗余，癌细
MedSci原创 - 药物，前列腺癌，预测模型 - 2021-05-30
【Leukemia】诊断后两年内复发的DLBCL患者的遗传学和转录组学分析
为进一步了解耐药和疾病进展的机制，并开发用于识别发生早期R/R风险患者的分子学工具，天津医科大学肿瘤医院张会来教授团队联合瑞典卡罗林斯卡医学院、乌普萨拉大学和华大基因共同开展一项研究。
聊聊血液 - R-CHOP，弥漫性大B细胞淋巴瘤 - 2024-01-02
Nat Commun：肾脏转录组、蛋白质组和多组学的遗传估算阐明了新的血压和高血压目标
本研究通过肾脏层面的遗传调控机制揭示了血压调节的新理解，为未来个性化治疗和药物研发提供了重要的指导。
MedSci原创 - 高血压，蛋白质组，肾脏转录组 - 2024-03-21
ceRNA：从全新的视角研究转录组
当我们谈到基因表达，自然离不开microRNA（miRNA）。这一类小小的非编码RNA通过与mRNA目标结合，抑制其翻译成蛋白质，从而在胚胎发育、细胞分化以及器官形成等过程中发挥重要作用。然而，事情并非如此简单。单个mRNA可能受到多个miRNA的调控，而单个miRNA能够调控多个mRNA。mRNA与miRNA之间的串扰（crosstalk）是如此复杂，又如此迷人，引无数学者竞折腰。 miR
生物通 - ceRNA，转录 - 2016-09-18
单细胞转录组研究进展
单细胞转录组分析以单个细胞为特定研究对象，提取mRNA进行逆转录、放大和高通量测序分析，能揭示该细 胞内整体水平的基因表达状态和基因结构信息，准确反映细胞间的异质性，深入理解其基因型和表型之间的相互关系，在发育生物学、基础医学、临床诊断和药物开 发等领域都发挥重要作用．本文主要介绍了单细胞转录组分析的特点和技术发展历史以及常用研究策略和不同技术的优缺点，并就其面临挑战
生物化学与生物物理学进展 - 转录组，单细胞转录组 - 2014-01-03
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