Genet Res:骨髓炎患者静脉血栓形成的分子基础和机制

2022-11-30 医路坦克 MedSci原创 发表于上海

静脉血栓栓塞症(VTE)包括深静脉血栓形成(DVT)和肺栓塞(PE),是感染性疾病常见而严重的并发症。新的证据表明,OM是静脉血栓栓塞症(VTE)发生率增加的危险因素。然而,其作用机制尚未得到深入研究

静脉血栓栓塞症(VTE)包括深静脉血栓形成(DVT)和肺栓塞(PE),是感染性疾病常见而严重的并发症。对于有肌肉骨骼感染的患者,尤其是年轻患者的骨髓炎(OM),是一种并发症。近年来,在急性血源性骨髓炎(Aho)病例中,DVT的患病率被报道为6-10%。在台湾,与对照队列相比,慢性OM患者发生DVT的风险是2.49倍。

新的证据表明,OM是静脉血栓栓塞症(VTE)发生率增加的危险因素。然而,其作用机制尚未得到深入研究。

方法:从基因表达总表数据库下载OM相关数据集GSE30119和VTE相关数据集GSE19151和GSE48000,并对其进行分析以鉴定差异表达基因(分别为OMGs1和VTEGs1)。对基因本体论(GO)术语进行功能丰富分析。检测到VTEGs2和OMGs2在OMGs1和OMGs1之间共享共同的GO生物学过程(GO-BP)本体,利用TRRUST数据库鉴定调控VTEGs2和OMGs2的上游转录因子(TF)。利用相互作用基因检索(字符串)数据库的搜索工具构建VTEGs2和OMGs2之间的蛋白质相互作用网络,并在Cytoscapp中可视化。利用NetworkAnalyzer计算网络的拓扑结构,利用分子络合物检测插件进行模块分析,选择中心模块。

结果:从相关数据集中分别鉴定出587个OMGs1和382个VTEGs1。OMGs1和共享DGEs1的Go-BP术语主要集中在中性粒细胞相关的免疫反应过程中,OMGs1和VTEGs1的Go-BP术语似乎集中在细胞对应激或生物刺激的激活、免疫、防御和炎症反应。检测到230个VTEGs2、333个OMGs2和13个共享DEGs2。共鉴定出3对Tf-靶基因(SP1-LSP1、SPI1-FCGR1a和STAT1-FCGR1a),PPI网络包含1611个相互作用的节点,前10个中枢蛋白分别是TP53、IL4、MPo、Elane、Fos、CD86、Hp、SOCS3、ICAM1和SNRPg。几个核心节点(如MPO、Elane和cAMP)是中性粒细胞胞外陷阱(Net)网络的重要组成部分。

图1:本研究的流程图

图2:OMGs1和VTEGs1的维恩图。心形虚线表示共享的DGE 1

图3:(a)OMGs1、(b)VTEGs1和(c)共享DGE1和(d)共享VTEGs1与OMG的GO-BP术语富集分析结果

图4: DEGs2随附所有共享GO-BP条款。(a) OMGs2和VTEGs2的Venn图。(b)共享DGE2的PPI网络。(c)共享DGS2的折叠变化

图5:DEGs2 PPI网络分析。(a)OMGs2和VTEGs2 PPI网络。(b)DEGs2的PPI网络模块1。节点大小对应于节点的程度,而节点颜色表示中间性中心性。

结论:这是是第一个通过集成生物信息学方法探索OM和VTE之间共享签名的数据挖掘研究,它可以帮助发现OM相关VTE的潜在生物标记物和治疗靶点。

文献来源:Chen P,  Liu Y,  Lin X,The Underlying Molecular Basis and Mechanisms of Venous Thrombosis in Patients with Osteomyelitis: A Data-Driven Analysis.Genet Res (Camb) 2022;2022

 

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