Front Genet：特发性肺动脉高压的m6A RNA甲基化模式及相关免疫微环境的全面分析

研究背景：

特发性肺动脉高压（IPAH）是一种生命威胁的疾病，预后不佳，遗传性较高，其特点是肺血管阻力升高（PVR）和肺动脉压力升高。N6-甲基腺苷（m6A）RNA修饰影响许多RNA代谢途径。然而，在IPAH中，m6A甲基化调控因子的位置尚不清楚。因此，该研究旨在揭示m6A调控因子在IPAH的病理机制和涉及的免疫微环境中发挥的作用。

研究方法及研究结果：

我们从基因表达 Omnibus（GEO）下载了GSE117261数据集，以筛选正常和IPAH样本之间的差异表达基因（DEGs）。随后通过基因本体论（GO）分析和基因与基因组百科全书（KEGG）进行DEGs的功能和通路富集分析。我们还确定了正常和IPAH样本之间的差异表达的m6A（DEm6A）调控因子。使用随机森林模型选择了与IPAH预测相关的关键m6A调控因子。结果显示，FMR1、RBM15、HNRNPA2B1和IGFBP3在IPAH中上调，而LRPPRC下调。然后采用单样本基因集富集分析（ssGSEA）方法分别估计不同m6A簇和m6A表型相关基因（PRGs）簇的免疫微环境。此外，通过主成分分析（PCA）计算了m6A分数，并选择桑基图来呈现m6A簇、m6A PRGs簇和m6A分数之间的相关性。最后，采用定量RT-PCR和Western印迹验证了人类肺动脉平滑肌细胞（HPASMCs）在人源血小板源生长因子-BB（PDGF-BB）处理后的关键基因。FMR1的相对mRNA和蛋白表达水平显著升高，然而LRPPRC的相对mRNA和蛋白表达水平下调。此外，HNRNPA2B1的相对mRNA水平也增加了。总的来说，这一生物信息学分析可能会为IPAH的诊断和治疗提供更多见解。

研究结论：

该研究通过处理GSE117261数据集提供了一项综合分析，以发现与IPAH发展相关的DEm6A调控基因。我们收集了正常和IPAH样本之间的77个DEG用于功能和通路富集分析，表明IPAH涉及异常的免疫活动。筛选出了5个关键的m6A修饰调控因子。区分了2个m6A簇和2个m6A PRGs簇。此外，还检查了与不同m6A修饰模式相关的免疫微环境。此外，还进行了定量RT-PCR和Western印迹，以确定受PDGF-BB刺激的HPASMCs中的关键基因。FMR1的相对mRNA和蛋白表达水平升高，而LRPPRC的相对mRNA和蛋白表达水平降低。此外，HNRNPA2B1的相对mRNA水平也显著升高。

参考文献：

Gao G, Chen A, Gong J, Lin W, Wu W, Mohammad Ismail Hajary S, Lian G, Luo L, Xie L. Comprehensive analyses of m6A RNA methylation patterns and related immune microenvironment in idiopathic pulmonary arterial hypertension. Front Genet. 2023 Sep 4;14:1222368. doi: 10.3389/fgene.2023.1222368. PMID: 37732317; PMCID: PMC10507408.