Clin Chem:使用两种商业测序平台对结核分枝杆菌培养物进行全面耐药性分析
2020-07-19 MedSci原创 MedSci原创
由于结核分枝杆菌耐药性复杂,需要进行快速、全面的药敏试验来指导患者的治疗。
由于结核分枝杆菌耐药性复杂,需要进行快速、全面的药敏试验来指导患者的治疗。本研究开发了基于Illumina MiSeq和Nanopore MinION的靶向测序工作流程,用于预测结核分枝杆菌对12种抗生素的耐药性。
从香港和埃塞俄比亚收集的163m结核分离株进行了多重PCR,同时扩增了19个耐药相关基因区域。然后分别在MiSeq和MinION上对24个和12个样品进行条形码和测序。采用一个基于网络的生物信息学流程:BacterioChek-TB用来将原始数据集转化为对临床人员有利的报告。
研究结果显示,两个平台均成功测序了样品的平均读数深度分别为1127和1649倍。如果排除MinION报告的等位基因频率<40%的变体,MiSeq和MinION的变体信号一致可以达到100%。与表型药敏试验(pDST)相比,两种工作流程的平均临床敏感性为94.8%,临床特异性为98.0%。MiSeq和MinION工作流程的周转时间分别为38和15小时,分别比pDST提前17-18天提供治疗指导。MinION平台(71.56美元)和MiSeq平台(67.83美元)上的每个样本成本较高,这是因为批处理能力不同。
研究证明了MiSeq和MinION平台的互换性,为结核病的治疗产生准确和可操作的结果。
原始出处:
本网站所有内容来源注明为“梅斯医学”或“MedSci原创”的文字、图片和音视频资料,版权均属于梅斯医学所有。非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明来源为“梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章,或“梅斯号”自媒体发布的文章,仅系出于传递更多信息之目的,本站仅负责审核内容合规,其内容不代表本站立场,本站不负责内容的准确性和版权。如果存在侵权、或不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。
在此留言
棒棒哒
43
#商业#
40
#分枝杆菌#
29
#结核#
34
#结核分枝杆菌#
48