RNA测序有助于遗传病的诊断
2018-10-24 小通 生物通
美国人类遗传学学会（ASHG）的年会于上周在圣地亚哥举行。会上公布的一项新研究表明，RNA测序有助于提高外显子组和基因组测序的遗传病诊断率。
美国人类遗传学学会（ASHG）的年会于上周在圣地亚哥举行。会上公布的一项新研究表明，RNA测序有助于提高外显子组和基因组测序的遗传病诊断率。
美国人类遗传学学会（ASHG）的年会于上周在圣地亚哥举行。会上公布的一项新研究表明，RNA测序有助于提高外显子组和基因组测序的遗传病诊断率。
贝勒医学院人类基因组测序中心的David Murdock表示，尽管外显子组和基因组测序成功揭开了遗传病的分子原因，但是实验室的诊断率仍在25%至50%之间。他们希望了解RNA测序是否能够解决一些阴性的病例。
首先，研究小组分析了对照中已知疾病基因的表达水平，以确定在血液和成纤维细胞中分析这些基因的表达是否足够。接着，他们通过RNA-seq panel分析了66个病例，主要关注的是165个先前鉴定出的意义不明的变异。
Murdock表示，RNA测序有助于14个病例（21%）的诊断。它对排除致病性变异也很重要。具体而言，RNA-seq能够排除42％的先前鉴定出的变异，包括90％的内含子和深内含子变体，因为分析表明它们对剪接没有影响。值得注意的是，RNA-seq发现60%的同义变异确实影响了剪接。
对于那些患有神经系统疾病的个体，RNA测序解决了大多数的病例，表明尽管未分析受影响的组织，但RNA-seq仍然可以提供信息。
Murdock举了一个具体的例子：一名三岁的女孩患有发育迟缓、畸形特征和心脏缺陷。她的表型类似于Kabuki综合征，但之前临床家系外显子组测序的结果是阴性的。于是，研究人员分析了之前的测序数据，并确定了一个新发的内含子变异。
尽管计算机模拟算法预测该变异可能对剪接产生影响，但研究人员并没有确凿的证据。RNA测序发现该变异创造了一个新的剪接位点，而对照中不存在。Murdock说，尽管整体表达水平没有改变，但有理论认为“异常的蛋白质可能无法正常行使功能”。他认为还需要其他的工作来确认，但“我们认为这有助于诊断” 。
Murdock补充说，尽管靶向RNA-seq方法有助于提高诊断率，但目前仍存在许多挑战。尤其是，基因表达往往是组织特异性的，因此尽管血液能够作为代表，但一些基因的表达水平不够高，导致无法检测。此外，还需要更好的工具来进行全转录组的检测。
尽管如此，他支持将RNA-seq纳入基因检测中。随着更多的诊断测序方案从外显子组转变为全基因组测序，这尤其重要，它将有助于鉴定更多功能未知的非编码变异。他认为，这对于ACMG等组织制定指南来解释RNA-seq数据中的变异也很重要。
此外，在另一场演讲中，埃默里大学的Samya Chakravorty表示，RNA测序有助于肌营养不良症的诊断。这种称为dysferlinopathy的疾病通常无法确诊，因为它的表型与其他的肌肉疾病相似。
研究小组首先用血液的单核细胞分析来检测350名疑似病例中的dysferlin蛋白，然后开展RNA测序和35个基因panel检测。RNA测序协助将诊断率从37%提高到80%。此外，它还能够识别那些携带意义不明变异的病例。
版权声明：
本网站所有内容来源注明为“梅斯医学”或“MedSci原创”的文字、图片和音视频资料，版权均属于梅斯医学所有。非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，授权转载时须注明来源为“梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章，或“梅斯号”自媒体发布的文章，仅系出于传递更多信息之目的，本站仅负责审核内容合规，其内容不代表本站立场，本站不负责内容的准确性和版权。如果存在侵权、或不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。
在此留言
本网站所有内容来源注明为“梅斯医学”或“MedSci原创”的文字、图片和音视频资料，版权均属于梅斯医学所有。非经授权，任何媒体、网站或个人不得转载，授权转载时须注明来源为“梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章，或“梅斯号”自媒体发布的文章，仅系出于传递更多信息之目的，本站仅负责审核内容合规，其内容不代表本站立场，本站不负责内容的准确性和版权。如果存在侵权、或不希望被转载的媒体或个人可与我们联系，我们将立即进行删除处理。
在此留言
学习了谢谢
50
#RNA测序#
34