利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

2015-11-03 科研动力 科研动力

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率,可以对PubMed查询结果进行汇总分析,不仅可以明显的提高PubMed查询效率,而且还可以掌握最新的研究动态。 PubReMiner 是 PubMed 资料分析工具,可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析,并且按照不同有的显示方式显示出来。从而对 PubMed&nbs

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率,可以对PubMed查询结果进行汇总分析,不仅可以明显的提高PubMed查询效率,而且还可以掌握最新的研究动态。

PubReMiner 是 PubMed 资料分析工具,可以对 PubMed 查询结果进行汇总分析,并且按照不同有的显示方式显示出来。从而对 PubMed 的查询结果有个总体把握和认识。PubReMiner 可以统计的项目有出版年份、期刊、作者、国家、MeSH等等很多内容。

这方面的工具也有其它优秀应用,如Web of Knowledge,可是它却是收费的。相反,PubReMiner 却是免费的!如此优秀的应用怎能不介绍给大家。废话少说,来看看如何使用。

PubReMiner的使用方法

首先要进入http://hgserver2.amc.nl/cgi-bin/miner/miner2.cgi,界面如下。

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

在「Start remining PubMed for」输入 PubMed 检索式。PubMed 检索式如何编写?可以利用 PubMed 高级搜索功能编写。当然,如果您是检索大牛的话,对于 PubMed 检索式了然于胸,也可以直接编写。反正我不会,记不住那么多规则,我只会「Advanced Search」。

我以曾经检索过的一个检索式来说明一下。

把输入PubMed 检索式「(((HIV[MeSH Terms]) AND tuberculosis[MeSH Terms])) OR ((tuberculosis[MeSH Terms]) AND AIDS[MeSH Terms])」输入到「Start remining PubMed for」,其它默认即可。

然后「Start PubReMiner」,会得到一个界面。

在新界面中「Search with Manual Adjustment」

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

命中2821篇文献,可是默认显示的是1000篇。把「Abstract Limit」调成10000篇。

如果想显示快些,可以把右侧的「columns to display」不显示「mesh」「substance」和「word」。

之后会得到如下结果

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PubReMiner 已经把所有文献按照发表年代,杂志,作者等分类了。

从这个结果中我们可以看到,发表此类文章最多是的Lancet,此类研究最多的大牛。当然第一个作者「ET AL」不是作者。

点击右侧的「P」,可以回到 PubMed 看到有关此项的研究。找个大牛看看。我们以第二位作者「CHAISSON RE」为例,点击右侧的「P」,可以看到CHAISSON RE所有的发表文献。这位大牛居然发表了318篇!牛人啊就是牛人。

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在Google里搜索一下这位牛人

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找到其主页

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原来是Johns Hopkins University的一位教授,上面还有他的经历和发表文献。如果您想继续此方面的研究,可以考虑申请他的博士。

有的教授还有FaceBook主页,同样可以找,甚至E-Mail了,Tel了的,都可以找到,联系他吧。

PubReMiner重新搜索

点击需要添加的内容,在左侧选中,如我们只想看发表于 Lancet 和N Engl J Med的文章,选中之后再「Search Again」,会把只发表于Lancet 和N Engl J Med的文章筛选出来,通过上方的「Goto PubMed with query」,又可以回到 PubMed 看到这些结果的具体情况。

利用PubReMiner汇总分析PubMed查询结果提高查询效率

另外,还可以把汇总分析的结果导出为TXT文档,再通过Excel分析。

PubReMiner的价值

面对当今信息过剩的年代,PubMed 上的资料也越来越多,我们无法知道哪些东西是有意义的。当然我们可以利用一些工具筛查一下文献,如:

但是PubReMiner 的价值还不在于此,PubReMiner不仅过滤信息,把最好结果呈递给我们,而且还有许多更好的应用。我稍微总结了一下。

1、筛查 PubMed 信息。

2、提供研究趋势,可以根据发表年代的文献数量,看出这方面的研究是增加还是在减少。因此利用这个,可以初步考虑一下进行此方面的研究是否有价值。

3、提供投稿方向。根据相应发表此类文献的杂志,可以初步考虑一下向何种杂志投。当然发表此类文献最多的杂志是首选,因为编辑们对此方面感兴趣。如果一个杂志此类研究尚未发表一个,决定投此杂志之前要考虑一下了。

4、提供了世界上谁在做此类研究。根据作者信息,可以看到此类研究最多的大牛是谁。如果想外出深造,当然首选此类大牛。出研究成果的机率也就大大的增加。通过Google完全可以找到此位大牛在哪,有啥联系方式。唉,现今社会,人还有隐私吗?!

5、相比于Web of Knowledge免费,这点很重要。

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