Haematologica：NPM1突变的急性髓系白血病患者预后的新型生物标志物——长链非编码RNA
2017-07-12 xiaoxiao MedSci原创
人类基因组研究计划的成果证实：人类30多亿个碱基对的基因序列中2/3的序列被反转录，而最终仅有不到2%的核酸序列用于编码蛋白，大部分基因不表达蛋白质，这一类基因被称为非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)，其所占全基因组的比例与生物种间的复杂等级有着更密切的相关性。ncRNA在发育和基因表达中发挥的复杂精确的调控功能极大地解释了基因组复杂性之难题，同时也为人们从基因表达调控网络
人类基因组研究计划的成果证实：人类30多亿个碱基对的基因序列中2/3的序列被反转录，而最终仅有不到2%的核酸序列用于编码蛋白，大部分基因不表达蛋白质，这一类基因被称为非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)，其所占全基因组的比例与生物种间的复杂等级有着更密切的相关性。ncRNA在发育和基因表达中发挥的复杂精确的调控功能极大地解释了基因组复杂性之难题，同时也为人们从基因表达调控网络的维度来认识生命体的复杂性开启新的天地。
长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)定义为超过200个核苷酸转录但无编码蛋白的潜能。累积的研究证据指出IncRNA在癌症发生、发展及进展中具有重要作用。在这项研究中来自法国的研究人员评估了细胞遗传学正常的急性髓系白血病患者的长非编码RNA的表达谱。研究人员对40例细胞遗传学正常的急性髓系白血病患者的RNA测序确定了11036个lncRNA。其中超过8000个lncRNA是以前没有描述过的。使用无监督分析，研究人员观察到一个依赖于NPM1基因突变的特定长链非编码RNA表达谱。统计分析后，研究人员在NPM1野生型患者中识别了一个NPM1突变的12个长链非编码RNA最小组。研究人员对134例细胞遗传学正常的急性髓系白血病患者组成的一个独立队列进行了qRT-PCR，并对其结果进行了评估。
研究人员已经确定了一个可能的生物标志物——长链非编码RNA XLOC_109948，其表达模式预测临床结果。有趣的是，XLOC_109948低水平表达预示NPM1突变的患者预后良好。在使用阿糖胞苷或维甲酸治疗的NPM1突变的OCI-AML3细胞系中，GapmeR抗XLOC_109948的瞬时转染增加细胞凋亡，这暗示了XLOC_109948对药物敏感性的作用。这项研究为在细胞遗传学正常的急性髓细胞白血病患者的长链非编码RNA转录组提供了更好地了解。
本研究中，研究人员在NPM1基因突变的患者中观察到了一个独特的长链非编码RNA表达谱。新发现的长非编码RNA——XLOC_109948，作为一个强有力的预后因素能够更好地对NPM1突变患者分层。
原始出处：
De Clara E, Gourvest M,et al.Long noncoding RNA expression profile in cytogenetically normal acute myeloid leukemia identifies a distinct signature and a new biomarker in NPM1-mutated patients.Haematologica. 2017 Jul 4. pii: haematol.2017.171645. doi: 10.3324/haematol.2017.171645. [Epub ahead of print]
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