Asian Journal of Psychiatry:解构东亚血统难治性精神分裂症的遗传结构

2023-11-09 xiongjy MedSci原创 发表于上海

这项研究揭示了精神分裂症的常见风险变异与 TRS 状态之间的关联,表明精神分裂症的遗传负担可能部分导致精神分裂症患者的治疗耐药性。

精神分裂症是一种异质性疾病,其中约三分之一的患者(临床上称为耐药精神分裂症(TRS))在至少两次剂量和疗程充足的不同抗精神病药物试验后仍无法显示出充分的治疗反应。反过来,这种延迟氯氮平起始治疗的持续时间和初始治疗缺乏疗效与较差的治疗和功能预后相关,甚至与氯氮平的长期反应不达标相关。TRS将导致住院费用、医疗保健使用率和合并症发生率增加10倍。绘制 TRS 的预测因子图将有助于在病程早期识别出对氯氮平治疗有反应的个体,从而改善预后和死亡率,减轻经济负担。

由于治疗反应是症状缓解的关键决定因素,而症状缓解与精神分裂症患者更好的功能恢复相关,因此对这些亚型的调查反过来又有助于下游调查和完善与 TRS 相关的内表型和生物标志物。有精神分裂症家族史的人患 TRS 的可能性增加,这表明遗传因素对 TRS 有影响,且据报道TRS 中罕见拷贝数变异的全基因组负担加重。从精神分裂症全基因组关联分析中得出的多基因风险评分(PRS)汇总了风险变异,但对TRS和非TRS之间遗传学影响的研究结果并不一致。

在不同人群中检验 PRS 对 TRS 和非 TRS 影响的临床研究仍然很少。因此,这篇文献的研究目的如下:(i) 研究精神分裂症 PRS 是否能区分 TRS 和非 TRS;(ii) 研究区分临床子样本的潜在遗传变异。

东亚血统的精神分裂症队列的参与者来自新加坡精神病转化与临床研究项目(STCRP)和新加坡精神卫生研究所氯氮平治疗服务的注册患者。被处方氯氮平以外的任何抗精神病药物的精神分裂症患者被归类为非TRS。排除了有神经损伤、智力迟钝和药物使用史的参与者。STCRP 群体在 Illumina 1M Duo Beadchip 上进行基因分型。耐药精神分裂症队列是在 Illumina GSA-MD v2 上进行基因分型的。用PLINK 1.9做质量控制:排除次要等位基因频率(MAF)< 0.01、哈迪温伯格平衡 p < 1e-06、call rate< 0.98 的单核苷酸多态性(SNP),排除记录性别与基因分型性别不匹配的个体。使用1000 genome project作为参考面板。imputation后的 SNPs 经过了另一轮质量控制,参数与上述相同。

本数据集的 PRS 是根据东亚和欧洲血统的精神分裂症 GWAS summary数据进行估算的,估计方法是 P 值阈值法(PT)和贝叶斯框架。PT方法通过PRSice-2进行,它是通过GWAS summary数据显示的风险等位基因的加权总和。贝叶斯框架是通过 PRS-CS和 PRS-CSx作为确认性 PRS 方法进行的,分别用于估计 EAS 和 EUR 训练数据集的 SNP 权重。所有计算均使用 1000 基因组 LD 参考面板。对于 EAS 和 EUR 数据集,全局收缩参数设置为 ϕ= 1 × 10-2 。
 
精神分裂症病例的 PRS 采用健康对照组的平均值和标准差进行标准化。 使用估计的 PRS 作为每组因变量的预测因子,进行二元逻辑回归(病例 vs. 健康对照;TRS vs. 非 TRS)。此外,前 10 个主成分、年龄和性别也作为协变量被纳入每个预测模型。
 
本文根据祖先和 PRS 建模方法,筛选出预测最强的 PRS 临界值,以缩小可能驱动 PRS 结果的变异。提取了可能驱动 PRS 模型结果的推定变异子集,并使用变异效应预测器数据库和 MAGMA 基因分析对结果进行了进一步注释,以估计基于基因的 p 值。FUMA GENE2FUNC用于识别驱动 PRS 结果的变异的推定基因集。

总的来说,本文纳入的857 名被诊断患有精神分裂症的个体根据明确定义的 TRS 标准分为 TRS (n = 142) 和非 TRS (n = 715)。使用来自东亚和欧洲血统人群的精神分裂症全基因组关联汇总统计量计算多基因风险评分 (PRS)。使用 P 值阈值和贝叶斯框架方法估计 PRS。进行Logistic回归分析以区分TRS和非TRS个体。得到结果显示,源自东亚训练数据集的精神分裂症PRS有效区分了TRS和非TRS个体(R2= 0.029,p = 4.86 ×10 -5pT= 0.1,OR = 1.52,95% CI = 1.242–1.861),在 TRS 组中观察到更高的 PRS 值。基于欧洲血统GWAS汇总统计进行了类似的PRS分析,但发现基于东亚血统发现数据的预测更好。

这项研究揭示了精神分裂症的常见风险变异与 TRS 状态之间的关联,表明精神分裂症的遗传负担可能部分导致精神分裂症患者的治疗耐药性。遗传危险因素可用于早期TRS识别和及时获得氯氮平。然而,发现样本的祖先背景对于在临床环境中成功实施PRS至关重要。

原始出处:

Lim K, Yee JY, See YM, Ng BT, Zheng S, Tang C, et al. Deconstructing the genetic architecture of treatment-resistant schizophrenia in East Asian ancestry. Asian Journal of Psychiatry. 2023;90:103826.

相关资料下载:
[AttachmentFileName(sort=1, fileName=1-s2.0-S1876201823003830-main.pdf)] GetArticleByIdResponse(id=52348001e4dc, projectId=1, sourceId=null, title= Asian Journal of Psychiatry:解构东亚血统难治性精神分裂症的遗传结构, articleFrom=MedSci原创, journalId=0, copyright=原创, creationTypeList=[1], summary=这项研究揭示了精神分裂症的常见风险变异与 TRS 状态之间的关联,表明精神分裂症的遗传负担可能部分导致精神分裂症患者的治疗耐药性。, cover=https://img.medsci.cn/20221115/1668549224601_4754896.webp, authorId=0, author=xiongjy, originalUrl=, linkOutUrl=, content=<div id="abstracts" class="Abstracts u-font-serif text-s" style="color: #1f1f1f;"> <div id="ab0010" class="abstract author"> <div id="abs0010"> <p id="sp0020">精神分裂症是一种异质性疾病,其中约三分之一的患者(临床上称为耐药精神分裂症(TRS))在至少两次剂量和疗程充足的不同抗精神病药物试验后仍无法显示出充分的治疗反应。反过来,这种延迟氯氮平起始治疗的持续时间和初始治疗缺乏疗效与较差的治疗和功能预后相关,甚至与氯氮平的长期反应不达标相关。TRS将导致住院费用、医疗保健使用率和合并症发生率增加10倍。绘制 TRS 的预测因子图将有助于在病程早期识别出对氯氮平治疗有反应的个体,从而改善预后和死亡率,减轻经济负担。</p> </div> </div> <p>由于治疗反应是症状缓解的关键决定因素,而症状缓解与精神分裂症患者更好的功能恢复相关,因此对这些亚型的调查反过来又有助于下游调查和完善与 TRS 相关的内表型和生物标志物。有精神分裂症家族史的人患 TRS 的可能性增加,这表明遗传因素对 TRS 有影响,且据报道TRS 中罕见拷贝数变异的全基因组负担加重。从精神分裂症全基因组关联分析中得出的多基因风险评分(PRS)汇总了风险变异,但对TRS和非TRS之间遗传学影响的研究结果并不一致。</p> <p>在不同人群中检验 PRS 对 TRS 和非 TRS 影响的临床研究仍然很少。因此,这篇文献的研究目的如下:(i) 研究精神分裂症 PRS 是否能区分 TRS 和非 TRS;(ii) 研究区分临床子样本的潜在遗传变异。</p> <p><img src="https://img.medsci.cn/20231109/1699518430767_6512445.png" /></p> <div id="ab0010" class="abstract author"> <div id="abs0010"> <p>东亚血统的精神分裂症队列的参与者来自新加坡精神病转化与临床研究项目(STCRP)和新加坡精神卫生研究所氯氮平治疗服务的注册患者。被处方氯氮平以外的任何抗精神病药物的精神分裂症患者被归类为非TRS。排除了有神经损伤、智力迟钝和药物使用史的参与者。STCRP 群体在 Illumina 1M Duo Beadchip 上进行基因分型。耐药精神分裂症队列是在 Illumina GSA-MD v2 上进行基因分型的。用PLINK 1.9做质量控制:排除次要等位基因频率(MAF)&lt; 0.01、哈迪温伯格平衡 p &lt; 1e-06、call rate&lt; 0.98 的单核苷酸多态性(SNP),排除记录性别与基因分型性别不匹配的个体。使用1000 genome project作为参考面板。imputation后的 SNPs 经过了另一轮质量控制,参数与上述相同。</p> <p><img src="https://img.medsci.cn/20231109/1699519171010_6512445.png" /></p> <div>本数据集的 PRS 是根据东亚和欧洲血统的精神分裂症 GWAS summary数据进行估算的,估计方法是 P 值阈值法(PT)和贝叶斯框架。PT方法通过PRSice-2进行,它是通过GWAS summary数据显示的风险等位基因的加权总和。贝叶斯框架是通过 PRS-CS和 PRS-CSx作为确认性 PRS 方法进行的,分别用于估计 EAS 和 EUR 训练数据集的 SNP 权重。所有计算均使用 1000 基因组 LD 参考面板。对于 EAS 和 EUR 数据集,全局收缩参数设置为 ϕ= 1 &times; 10-2 。</div> </div> <div id="abs0015"> <div>&nbsp;</div> <div>精神分裂症病例的 PRS 采用健康对照组的平均值和标准差进行标准化。 使用估计的 PRS 作为每组因变量的预测因子,进行二元逻辑回归(病例 vs. 健康对照;TRS vs. 非 TRS)。此外,前 10 个主成分、年龄和性别也作为协变量被纳入每个预测模型。</div> <div>&nbsp;</div> <div>本文根据祖先和 PRS 建模方法,筛选出预测最强的 PRS 临界值,以缩小可能驱动 PRS 结果的变异。提取了可能驱动 PRS 模型结果的推定变异子集,并使用变异效应预测器数据库和 MAGMA 基因分析对结果进行了进一步注释,以估计基于基因的 p 值。FUMA GENE2FUNC用于识别驱动 PRS 结果的变异的推定基因集。</div> <div><img src="https://img.medsci.cn/20231109/1699519153391_6512445.png" /></div> <p id="sp0025">总的来说,本文纳入的857 名被诊断患有精神分裂症的个体根据明确定义的 TRS 标准分为 TRS (n = 142) 和非 TRS (n = 715)。使用来自东亚和欧洲血统人群的精神分裂症全基因组关联汇总统计量计算多基因风险评分 (PRS)。使用 P 值阈值和贝叶斯框架方法估计 PRS。进行Logistic回归分析以区分TRS和非TRS个体。得到结果显示,源自东亚训练数据集的精神分裂症PRS有效区分了TRS和非TRS个体(R<sup>2</sup>= 0.029,p = 4.86 &times;10&nbsp;<sup>-5</sup>,<em>p</em><sub>T</sub>= 0.1,OR = 1.52,95% CI = 1.242&ndash;1.861),在 TRS 组中观察到更高的 PRS 值。基于欧洲血统GWAS汇总统计进行了类似的PRS分析,但发现基于东亚血统发现数据的预测更好。</p> </div> <div id="abs0025"> <p id="sp0035">这项研究揭示了精神分裂症的常见风险变异与 TRS 状态之间的关联,表明精神分裂症的遗传负担可能部分导致精神分裂症患者的治疗耐药性。遗传危险因素可用于早期TRS识别和及时获得氯氮平。然而,发现样本的祖先背景对于在临床环境中成功实施PRS至关重要。</p> </div> </div> </div> <p><span style="color: #808080; font-size: 12px;">原始出处:</span></p> <p><span style="color: #808080; font-size: 12px;">Lim K, Yee JY, See YM, Ng BT, Zheng S, Tang C, et al. Deconstructing the genetic architecture of treatment-resistant schizophrenia in East Asian ancestry. Asian Journal of Psychiatry. 2023;90:103826.</span></p>, belongTo=, tagList=[TagDto(tagId=230, tagName=遗传学), TagDto(tagId=25892, tagName=难治性精神分裂症), TagDto(tagId=71891, tagName=多基因风险评分)], categoryList=[CategoryDto(categoryId=13, categoryName=精神心理, tenant=100), CategoryDto(categoryId=84, categoryName=研究进展, tenant=100), CategoryDto(categoryId=20656, categoryName=梅斯医学, tenant=100)], articleKeywordId=0, articleKeyword=, articleKeywordNum=6, guiderKeywordId=0, guiderKeyword=, guiderKeywordNum=6, opened=1, paymentType=1, paymentAmount=0, recommend=0, recommendEndTime=null, sticky=0, stickyEndTime=null, allHits=1569, appHits=20, showAppHits=0, pcHits=54, showPcHits=1549, likes=0, shares=0, comments=1, approvalStatus=1, publishedTime=Thu Nov 09 17:15:00 CST 2023, publishedTimeString=2023-11-09, pcVisible=1, appVisible=1, editorId=6556076, editor=精神心理新前沿, waterMark=0, formatted=0, deleted=0, version=4, createdBy=074a6512445, createdName=xiongjy, createdTime=Thu Nov 09 16:38:56 CST 2023, updatedBy=92910, updatedName=rayms, updatedTime=Sat Jan 06 21:07:36 CST 2024, ipAttribution=上海, attachmentFileNameList=[AttachmentFileName(sort=1, fileName=1-s2.0-S1876201823003830-main.pdf)])
1-s2.0-S1876201823003830-main.pdf
版权声明:
本网站所有内容来源注明为“梅斯医学”或“MedSci原创”的文字、图片和音视频资料,版权均属于梅斯医学所有。非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明来源为“梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章,或“梅斯号”自媒体发布的文章,仅系出于传递更多信息之目的,本站仅负责审核内容合规,其内容不代表本站立场,本站不负责内容的准确性和版权。如果存在侵权、或不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。
在此留言
评论区 (1)
#插入话题
  1. [GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=2167620, encodeId=9ba5216e620a6, content=<a href='/topic/show?id=c9bfe649471' target=_blank style='color:#2F92EE;'>#精神分裂症#</a>, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=39, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[TopicDto(id=76494, encryptionId=c9bfe649471, topicName=精神分裂症)], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=, createdBy=dfc06407071, createdName=ms5463223, createdTime=Thu Nov 09 17:24:27 CST 2023, time=2023-11-09, status=1, ipAttribution=上海)]
    2023-11-09 ms5463223 来自上海

相关资讯

肺动脉高压遗传基因检测的现状及建议

根据美国医学遗传学和基因组学学院和分子病理学协会(ACMG)的指南,应向具有已确定的致病/可能致病变体的PAH索引病例的亲属提供级联基因测试。

冯永康:遗传学在中国的初创与曲折变迁

这是一段整个中国科学界和全体学人应该刻骨铭心的历史记忆,它给我们留下了值得有效传承并大力弘扬之科学精神——“追求真理、严谨治学、淡泊名利、潜心研究”和中国老一辈遗传学家的可贵品质。

人类进化极限:年龄越大,遗传学对你的影响越小

最近爆火的“三花淡奶”和“海克斯黑科技”引发了很多人的食品安全焦虑,担心其为健康带来的风险。事实上,基因、环境和年龄都在我们的健康中扮演重要角色,但是哪一个才是最重要的呢?

ERJ:肺动脉高压(PAH)的遗传学进展

到2018年,共有17个PAH基因在第六届世界肺动脉高压研讨会上被确认。其中许多基因已被证明属于BMPR2和转化生长因子β(TGF-β)途径或与之相关。

Science:由于未考虑交配模式,人类性状之间的基因关联被夸大了

这项研究显示,遗传相关性评估的实质性变化可以通过交叉表型相关性来解释。目前评估性状之间遗传联系的方法未能考虑到交配模式。

Eur Heart J:复发性冠状动脉疾病事件的遗传、社会人口学、生活方式和临床危险因素

社会人口学、临床和实验室因素都与CAD复发有关,遗传风险、首次CAD事件的年龄和高密度脂蛋白胆固醇浓度解释最多。