CLIN CHEM：通过错误校正循环肿瘤DNA测序重建超灵敏突变检测和全基因组DNA拷贝数
2018-11-02 MedSci MedSci原创
循环免费DNA测序（cfDNA-Seq）可以描绘癌症基因组结构，对于准确检测通常具有低变异频率的突变，仍需要高灵敏度和特异性技术。 在此，研究人员开发了一种可定制的杂交捕获cfDNA-Seq技术，该技术使用现成的分子条形码和一种新的双链DNA分子鉴定工具用于提高错误校正。 结果显示，基于来自58名患者的cfDNA含量的建模表明，该技术仅需要25ng的cfDNA即可以应用于> 95
循环免费DNA测序（cfDNA-Seq）可以描绘癌症基因组结构，对于准确检测通常具有低变异频率的突变，仍需要高灵敏度和特异性技术。
在此，研究人员开发了一种可定制的杂交捕获cfDNA-Seq技术，该技术使用现成的分子条形码和一种新的双链DNA分子鉴定工具用于提高错误校正。
结果显示，基于来自58名患者的cfDNA含量的建模表明，该技术仅需要25ng的cfDNA即可以应用于> 95％的转移性结直肠癌（mCRC）患者。32-基因的cfDNA-Seq，163.3-kbp靶区域检测到100％的单核苷酸变异，在跟踪实验中具有0.15％的变异频率。分子条形码错误纠正将假阳性突变减少了97.5％。在28例连续分析的mCRC患者中，先前通过肿瘤组织测序检测到的91个突变中有80个为cfDNA。点突变和indel的率相似。cfDNA-Seq在活检测序失败或未包括关键mCRC驱动基因的患者中发现典型的mCRC驱动突变。KRAS，2例中多个PIK3CA突变的平行进化，以及来源为自克隆性造血的TP53突变。此外，cfDNA-Seq脱靶读取分析可以实现在28个病例中的20个中同时进行全基因组拷贝数分布重建。拷贝数配置文件可通过低覆盖率的全基因组测序验证。
结果表明，这种校正的，超深度cfDNA-Seq技术具有可定制的目标区域和公开可用的生物信息学工具，可以广泛了解癌症基因组和进化。
原始出处：
Sonia Mansukhani, Louise J. Barber,
Dimitrios Kleftogiannis, Ultra-Sensitive Mutation Detection and Genome-Wide DNA
Copy Number Reconstruction by Error-Corrected Circulating Tumor DNA Sequencing
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陈v股海护航哈哈哈
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学习一下，谢谢
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v刚刚好哼哼唧唧
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