Nucleic Acids Res：简化ChIP分析的新方法
2015-04-23 佚名 生物通
最近，美国普渡大学的研究人员开发出一种方法，称为ZipChip，可大大降低ChIP分析的时间和成本，同时还能提高灵敏度。染色质免疫沉淀（ChIP）研究，对于染色质相关蛋白和组蛋白修饰在基因组中的定位，提供了深入的见解。然而，标准的ChIP方法耗时、昂贵、费力，由于涉及大量的步骤，易受实验误差的影响。此外，全基因组ChIP研究产生了大量的数据，因此迫切需要某种方法，能够进行快速验证以及生物相关性分析
最近，美国普渡大学的研究人员开发出一种方法，称为ZipChip，可大大降低ChIP分析的时间和成本，同时还能提高灵敏度。
染色质免疫沉淀（ChIP）研究，对于染色质相关蛋白和组蛋白修饰在基因组中的定位，提供了深入的见解。然而，标准的ChIP方法耗时、昂贵、费力，由于涉及大量的步骤，易受实验误差的影响。此外，全基因组ChIP研究产生了大量的数据，因此迫切需要某种方法，能够进行快速验证以及生物相关性分析。
为了克服这些挑战，研究人员最近开发出一种方法，称为ZipChIP，可大大降低ChIP分析的时间和成本。相关研究结果发表在最近的Nucleic Acids Research杂志。本文资深研究作者、普渡大学的Scott Briggs 指出：“ZipChIP的开发是很重要的，因为它将复杂的ChIP程序简化为一个简单的‘一下午实验’，可进行染色质相关蛋白的快速分析。”
该方法也提高了灵敏度，能够检测染色质相关蛋白和组蛋白翻译后修饰，这在以前是很难或几乎不可能检测到的。根据作者介绍，ZipChIP将是一种有用的工具，可用于各种实验室，有助于染色质和DNA模板化过程的研究。
相比较其他ChIP方法，ZipChIP需要较少的试剂和步骤。此外，研究人员优化了程序，可允许在qRT-PCR的微珠PCR反应中使用磁珠，从而带来更好的灵敏度。研究人员使用ZipChIP检测到了组蛋白修饰和两个酵母组蛋白去甲基化酶——Jhd2和Rph1，在以前用标准方法是难以检测的。
分析结果表明，在积极转录的基因上至少有两种H3K4模式。本文第一作者Kayla Harmeyer说：“这是令人惊讶的，因为只有一个主要的H3K4模式被报道过。这些富集模式的生物学意义是未知的，但现在这些问题得到了解决。”
研究还表明，这种多功能方法可用于酵母和拟南芥的更复杂的基因组。研究结果表明，ZipChIP还可以应用于一些生物，如斑马鱼，果蝇和哺乳动物细胞。Briggs说：“我们的初步数据表明，ZipChIP也对哺乳动物细胞起作用。然而，该方法的主要缺点是，本程序是用于基因特异性的分析。接下来，研究人员将优化ZipChIP，用于全基因组的研究。”
原始出处：
Kayla M. Harmeyer, Paul F. South, Brett Bishop, Joe Ogas and Scott D. Briggs*.Immediate chromatin immunoprecipitation and on-bead quantitative PCR analysis: a versatile and rapid ChIP procedure.Nucl. Acids Res. March 31, 2015, 43(6): e38.doi: 10.1093/nar/gku1347
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