Clin Chem：使用固定乳腺癌组织切片对内分泌治疗的敏感性检测技术有效性如何而？
2020-08-01 MedSci原创 MedSci原创
本文报告了FFPE样品的技术有效性，包括预分析和分析性能。将预测II-III期乳腺癌内分泌治疗敏感性的多基因表达指数(set2,3)应用于基于杂交的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织切片表达检测。
本文报告了FFPE样品的技术有效性，包括预分析和分析性能。将预测II-III期乳腺癌内分泌治疗敏感性的多基因表达指数(set2,3)应用于基于杂交的福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织切片表达检测。
我们使用基于微珠的QuantiGene Plex（QGP）和基于玻片的NanoString（NS），将冷冻样品的微阵列（Affymetrix U133A）的SET2,3校准为基于杂交的FFPE组织检测。在对照研究中，对以下分析前和分析条件进行了测试，包括冷冻和固定样本内部和之间的重复、石蜡块的时间、固定切片的匀浆与提取的RNA、核心活检与手术切除的肿瘤、技术重复、精度超过20周、稀释限度、线性范围和分析灵敏度。用Lin’s concordance correlation coefficient (CCC)来衡量测量值之间的一致性。
研究结果显示，采用QGP (CCC 0.94)和NS (CCC 0.93)技术平台校准SET2,3指数，并在使用QGP (CCC 0.72, 0.85)和NS (CCC 0.78, 0.78)的两组较老的固定样本中进行验证。通过固定切片与纯化RNA的直接均质，以及核心样本与手术样本类型的直接均质，QGP检测结果一致(CCC 0.97)，在技术重复中准确性100%，20周试验的变异系数为1-9%，线性范围为3.0-11.5 (log2计数)，分析灵敏度≥2.0 (log2计数)。
研究结果表明，新的SET2,3测定方法在固定肿瘤切片活检或切除样本中技术有效，且使用简单、是一种廉价的不需要RNA纯化的杂交方法。
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