microRNA靶标数据库及预测软件汇总

（1）miRbase：众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接（如：PicTar）。最新版本发布时间：2010年9月。网址：http://mirbase.org/index.shtml

（2）ChIPBase: 整合CLIP-Seq和ChIP-Seq的数据探讨microRNA的转录和转录后调控，构建转录因子->microRNA->靶标的调控网络。最新版本发布时间：2012年11月。网址：http://deepbase.sysu.edu.cn/chipbase/

（3）starBase：一个高通量实验数据CLIP-Seq（或称为HITS-CLIP）和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。
最新版本发布时间：2011年5月。 网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

（4）Tarbase：一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2009年1月（v5）。网址：http://microrna.gr/tarbase/

（5）miRecords：一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。最新版本发布时间：2010年11月。网址：http://mirecords.biolead.org/

（6）targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。最新版本发布时间：2009年4月（v5.1）. 网址：http://www.targetscan.org/

（7）PicTar：基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因。假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。最新版本发布时间：2007年3月。网址：http://pictar.mdc-berlin.de/

（8）PITA：基于靶位点的可接性（target-site accessibility）和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。最新版本发布时间：2008年8月。网址：http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

（9）RNA22：基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。最新版本发布时间：2007年。网址：http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

（10）miRanda和microRNA.org：是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://www.microrna.org/microrna/home.do

（11）MicroCosm：EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/

（12）miRTarBase：整合实验证实的microRNA靶标的数据库。最新版本发布时间：2010年10月。网址：http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

（13）miRGator v2.0：整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。最新版本发布时间：2010年11月。网址：http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/

（14）MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。最新版本发布时间：2008年1月。网址：http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/

（15）miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://mirdb.org/miRDB/

（16）RNAhybrid：一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标。最新版本发布时间：v2.1。网址：http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

（17）miRGen：microRNA基因和microRNA靶标数据库。最新版本发布时间： 2007年1月。网址：http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html

 (18)doRiNA: microRNA的转录后调控数据库。最新版本发布时间：2012年1月。网址：http://dorina.mdc-berlin.de/rbp_browser/dorina.html
{nextpage}
预测植物microRNA靶标的工具和数据库如下：

(1) Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标。最新版本发布时间：2010年8月。网址：http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334

(2) starBase: 提供高通量实验数据mRNA降解组测序数据支持的植物microRNA靶标数据库和基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的网页版工具。最新版本发布时间：2011年5月。 网址：http://starbase.sysu.edu.cn/

(3) miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。最新版本发布时间：2011年5月。 网址：http://www.plantgrn.org/psRNATarget/

(4)CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。最新版本发布时间：2010年3月。网址：https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html

(5) Target-align：一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。最新版本发布时间：2010年。网址：http://www.leonxie.com/targetAlign.php
{nextpage}
miRNA-lncRNA互作的数据库：
starBase: 提供miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)、假基因(pseudogene)和环状RNA(circRNA)的互作信息。并且根据这些互作关系还 构建了ceRNA调控网络。这些调控互作网络信息是基于108高通量的CLIP-Seq实验数据。网 站：http://starbase.sysu.edu.cn 更新： 2013年

DIANA-LncBase: 提供基于2个研究的CLIP-Seq数据miRNA调控长非编码RNA(lncRNA)的信息。网站：www.microrna.gr/LncBase 更新： 2012年

各个数据库特点：
其中数据库中全面和更新快的有：
miRBase： http://mirbase.org/index.shtml
starBase: http://starbase.sysu.edu.cn/
miRecords: http://mirecords.biolead.org/
miRTarBase: http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html

预测软件假阳性率低的有：
targetScan：http://www.targetscan.org/
PicTar: http://pictar.mdc-berlin.de/