Nature Microbiology：单细胞大规模并行多路微生物测序识别罕见的细菌种群和描述噬菌体感染
本文将M3-seq应用于数十万个细胞，揭示了罕见的种群以及与压力反应和噬菌体感染特征相关的赌注对冲的见解。
MedSci原创 - 单细胞大规模并行多路微生物测序，细菌种群，噬菌体感染 - 2023-10-05
Nature子刊：液体活检用于早筛新方法
在这篇文章描述了如何实现完整的DM-Seq方法来直接对5mC进行单独测序。与TAPS的比较发现了5mC检测的偏差，可能是由于DHU碱基的聚合酶扩增不良。
小桔灯网 - 液体活检 - 2023-08-04
Nat Methods：何川团队开发RNA结合蛋白结合位点原位逆转录测序分析的新方法
该研究提出了一种基于逆转录的RBP结合位点测序(ARTR-seq)的检测方法，该方法依赖于抗体引导下RBP结合RNA的原位逆转录来识别RBP结合位点。
iNature - RNA结合蛋白，逆转录测序，RBP结合位点测序 - 2024-01-12
Cell Res：北京大学汤富酬团队开发用于单个细胞内多组学分析的长读单细胞测序方法
该研究报道了一种用于单个细胞内多组学分析的长读单细胞测序方法，scNanoCOOL-seq。
iNature - 长读单细胞测序，scNanoCOOL-seq - 2023-09-15
Nat Protoc | 陈亮/付向东合作组报道R-loop的新测序技术
当新生RNA与模板DNA通过碱基互补配对形成杂合链时，另外一条非模板DNA链将处于单链状态，由此形成的三链核酸结构称为R-loop。R-loop广泛存在于细菌、真菌、植物与动物的基因组中，并具有广泛的生物学意义。现已知R-loop在基因转录、DNA复制、表观遗传修饰以及DNA损伤修复等过程中都具有重要作用，是具有调控功能的核酸结构，而R-loop的水平紊乱则常会导致转录与复制失调以及基因组稳定性下
BioArt - R-loop，新测序，技术 - 2019-04-21
Nature Communications：西湖大学马丽佳团队开发新型CRISPR脱靶和DNA易位检测工具
CRISPR-Cas基因编辑依赖于向导RNA（gRNA）的识别和靶向，gRNA的非特异性靶向可能会引入意料之外的脱靶编辑，从而导致细胞遗传毒性。
“生物世界”公众号 - CRISPR，马丽佳 - 2022-12-14
Nature子刊：中山大学丁俊军等合作开发单细胞中染色质结构和转录的同时分析的方法
该研究发了一种单细胞、多模态、组学方法，允许通过测序(单细胞转录组测序(scCARE-seq))同时检测染色质结构和信使RNA表达。
医药加学习班 - 染色质，单细胞转录组测序，scCARE-seq - 2023-08-17
Nat Commun：单细胞水平检测染色体外环状DNA多样性及复杂性的新工具scCircle-seq
研究团队开发并验证了Circle-seq的单细胞应用scCircle-seq，该方法适用于非固定和固定的细胞或细胞核，包括从肿瘤活检组织中提取的细胞核。
测序中国 - Circle-seq，eccDNA - 2024-03-23
NBT：上海交通大学杨朝勇/吴玲玲/宋佳/郑军华开发新的方法，实现高灵敏空间转录组学测序
该研究报道了一种用于空间RNA测序(Decoder-seq)的树状细胞DNA坐标条形码设计，该设计具有高灵敏度和高分辨率。
iNature - 测序，空间转录组学 - 2024-01-18
ATAC-seq技术再升级：单分子测序平台联手单细胞染色质可及性测序技术
基于二代测序平台(NGS)的scATAC-seq技术利用Tn5酶的DNA随机打断功能，可以富集染色质局部开放区域上的基因组DNA短片段（通常80-300 bp），这些短片段被当作开放染色质的信号。
iNature - ATAC-seq技术再升级，单分子测序，单细胞染色质可及性测序技术 - 2022-11-13
Front Immunol：强直性脊柱炎患者外周血单个核细胞的整合单细胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析
强直性脊柱炎(AS)是一种免疫介导的脊柱关节病。该研究集中在T细胞如何参与AS的发病机制，这将丰富AS单细胞研究的数据，为理解AS的发病机制提供新的视角。
MedSci原创 - 强直性脊柱炎，整合单细胞RNA-SEQ，ATAC-SEQ - 2022-02-19
Genome Res：新的多重Digenome-seq工具让CRISPR-Cas9飞得更高
自从2013年1月首次用于基因组编辑以来，CRISPR-Cas9的知名度与日俱增。让它如此引人注目的原因在于它惊人的高效性和实用性；简而言之，它比较容易使用。去年，来自韩国基础科学研究所基因组工程中心的Jin-Soo Kim研究团队在Cell Stem Cell期刊上发表一篇标题为“Functional Correction of Large Factor VIII Gene Chromoso
MedSci原创 - CRISPR，工具 - 2016-02-06
Nat Med：让我们用高大上的方法来检测ctDNA吧
著名的JohnsHopkins大学最近的一项研究揭示了ctDNA（循环肿瘤DNA/circulatingtumor DNA）的真面目，它其实是一种具备广泛应用前景、高敏感性、高特异性的肿瘤标志物，且适用于多种肿瘤（STM：ctDNA，恶性肿瘤检测筛查利器）。但ctDNA的研究还处在社会主义初级阶段，很多关键问题还没有解决，例如ctDNA怎么被释放入血（可能来自CTC，也可能不是），仍需要大家一
肿瘤新青年论坛 - ctDNA，肿瘤，标志物 - 2014-04-15
Nat Methods：定位基因组的调控序列的三种方法
科学家们利用染色质对DNase消化和Tn5转座的敏感性，对基因组的调控序列进行定位和解读。近来越来越多的证据显示，许多遗传学差异并非直接影响基因，而是改变控制基因开/关的调控序列。近期Nature Methods杂志上发表了三篇文章，介绍了在基因组中定位调控序列的新技术，阐述了进行数据分析时面临的主要问题。活化的调控序列上结合有转录因子，转录因子是识别特定DNA序列的蛋白。一旦转录因子结合，就会招
MedSci原创 - 基因组，DNase-seq - 2014-01-04
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