Nat Commun：FinaleMe模型：基于血浆cfDNA片段化模式预测DNA甲基化水平和起源组织状态
研究团队开发了一种名为FinaleMe的计算方法，可预测每个cfDNA片段中每个CpG的DNA甲基化状态，并获得CpG位点的连续DNA甲基化水平；进一步从推断的甲基化模式中预测相关的起源组织状态。
测序中国 - cfDNA，DNA甲基化 - 2024-04-29
Genome Med：单个cfDNA样本产生2亿个reads！新纳米孔测序方法揭示癌症cfDNA单分子甲基化谱
该文章介绍了一种纳米孔单分子测序方法，用于有效地表征癌症患者cfDNA的甲基化谱。
测序中国 - cfDNA - 2024-04-26
PNAS：基于甲基化图谱及深度学习模型，实现cfDNA组织特异性定性及定量研究
研究团队开发了第一个cfDNA监督组织反卷积方法，一个基于深度神经网络(DNN) 的模型cfSort，其可用于敏感和稳健地定量cfDNA中的组织成分。
测序中国 - cfDNA，深度神经网络，甲基化图谱 - 2023-07-25
Genome Biology | 纳米孔测序可用于检测cfDNA的细胞起源和癌症特异性甲基化特征
该研究结果表明，基于cfNano和Illumina的WGS和WGBS方法在检测DNA甲基化、片段化和CNA的癌症特异性特征方面性能基本一致。
测序中国 - 细胞起源，纳米孔测序，检测cfDNA - 2022-08-09
eLife | 基于cfDNA甲基化和片段组学多模态分析，实现多癌种早检及定位
研究团队开发了一种被称为“SPOT-MAS”的多模态方法，通过DNA甲基化及其大小检测肿瘤是否存在，全面分析cfDNA的甲基组学、片段组学、DNA拷贝数和末端基序，可从单一筛查中同时检测和定位癌症。
测序中国 - cfDNA甲基化 - 2023-08-13
Nat Commun：机器学习分类器CUPiD：基于cfDNA甲基化模式预测原发灶不明癌症的起源组织
文章介绍了一个高度准确的机器学习分类器CUPiD，可基于cfDNA甲基化模式准确预测29种肿瘤类型的TOO。
测序中国 - 甲基化，cfDNA，原发灶不明癌症 - 2024-05-13
Clin Cancer Res：cfDNA甲基化液体活检方法OvaPrint，可评估有症状女性的早期卵巢癌风险
来自美国南加州大学的研究人员开发了一种cfDNA甲基化液体活检方法，用于早期HGSOC的风险评估。研究团队进行了简化的亚硫酸氢盐DNA测序，以确定HGSOC和正常卵巢、输卵管组织之间的差异甲基化区域。
测序中国 - 卵巢癌，液体活检，上皮性卵巢癌，cfDNA甲基化，OvaPrint - 2023-11-14
PNAS：谢晓亮课题组开发新型单细胞甲基化与羟甲基化测序技术
该研究利用该技术描绘了小鼠早期胚胎发育过程中甲基化、羟甲基化以及半甲基化修饰的动态变化，揭示了小鼠早期胚胎甲基化重编程过程中主动/被动去甲基化的活力变化以及参与父母本基因表达调控机制的差异。
测序中国 - DNA甲基化，单细胞甲基化，羟甲基化测序技术 - 2023-12-19
Nature Genetics：林东昕/郑健团队等首次揭示RNA甲基化可调控DNA甲基化
DNA甲基化修饰改变引起的基因表达改变在肿瘤的发生发展中起重要作用。例如，癌细胞基因组常常有癌基因的低甲基化和抑癌基因的高甲基化改变，但DNA甲基化改变的机制目前并不完全清楚。
“生物世界”公众号 - DNA甲基化，RNA甲基化 - 2022-10-20
Blood：新型去甲基化药物OR-2100靶向治疗DNA异常超甲基化驱动的ATL白血病
成人T细胞白血病-淋巴瘤(ATL)是一种由人T细胞淋巴病毒-1(HTLV-1)转化的侵袭性的CD4+T细胞血液恶性肿瘤。大部分HTLV-1感染的个体无症状，仅3-5%的HTLV-1携带者会发展成ATL
MedSci原创 - 地西他滨，超甲基化，ATL白血病 - 2020-06-06
Nature：体重指数与DNA甲基化相关！
虽然目前对肥胖及其相关临床条件的机制了解甚少，但是最近的研究表明肥胖可能会影响DNA甲基化，DNA甲基化是基因表达和分子表型的关键调节器。近期，一项发表在Nature杂志上的文章使用了表观基因组证实：身体质量指数（BMI）与DNA甲基化的广泛
MedSci原创 - 体重指数，肥胖，DNA - 2016-12-25
PNAS：北京大学谢晓亮团队开发新型单细胞甲基化与羟甲基化测序技术
该研究提出了一种无亚硫酸氢盐的单细胞全基因组5mC和5hmC分析技术，命名为Cabernet，它可以在高基因组覆盖率下以单碱基分辨率表征5mC和5hmC。
iNature - 测序，单细胞甲基化，羟甲基化 - 2023-12-28
Nature：体重超重影响DNA甲基化
在假期你增加的额外体重将不仅出现在你的臀部，而且也会影响你的DNA。这是德国亥姆霍兹慕尼黑中心合作的一项大规模国际研究的结果。它表明较高的身体质量指数（BMI）会导致人基因组中将近200个位点发生表观遗传变化，从而影响基因表达。相关研究结果于2016年12月21日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Epigenome-wide association study of body mass i
生物谷 - 超重，DNA甲基化 - 2016-12-26
DNA甲基化检测技术应用与技术比较
DNA甲基化作为表观遗传学研究的重要范畴，已经越来越受到研究者的关注。近些年来，随着DNA甲基化与组蛋白甲基化的联合作用机制、RNA干扰机制及去 甲基化机制的发现，使得DNA甲基化研究受到广泛关注，从医学领域扩展到动植物研究当中，同时在研究方法上也取得了很大的突破。现在用于DNA甲基化检测 的方法大概有十多种，从应用上来分，大致可以分成两类：全基因组甲基化分析及特异位点甲基化检测。下面，我
MedSci原创 - DNA甲基化，检测 - 2014-02-05
CHM ：DNA甲基化暴露疟原虫致命弱点
研究显示，基因组中的低水平DNA甲基化，对于寄生虫的生存非常关键。文章发表在Cell旗下的Cell Host
生物通 - 疟原虫，青蒿素，DNA甲基化，阿尔茨海默症 - 2013-12-13
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