当小鼠胚胎长出额外的双腿:揭秘胚胎发育中的染色质可及性变化
研究人员成功地创造了一种六腿小鼠胚胎,这一发现不仅令人惊讶,也为我们进一步理解生物体发育过程中基因路径(gene pathway)的作用提供了宝贵的信息。
生物探索 - 染色质,胚胎发育,小鼠胚胎 - 2024-04-05
GENOME BIOLOGY:scIBD用于增强单细胞染色质可及性测序中异型双联体的检测
对各种模拟和真实数据集的全面基准测试证明了 scIBD 的卓越性能和稳健性。
MedSci原创 - 单细胞染色质,单细胞染色质可及性测序技术,scIBD,异型双联体 - 2023-10-11
Blood:APL细胞外染色质使凝血及纤溶恶化
急性早幼粒细胞白血病(APL)常伴发危及生命的血栓及出血。尽管在过去的几十年中, APL缓解率已达90%,成为高度可治愈型人类恶性肿瘤。
科学网 - APL - 2017-04-11
ATAC-seq技术再升级:单分子测序平台联手单细胞染色质可及性测序技术
基于二代测序平台(NGS)的scATAC-seq技术利用Tn5酶的DNA随机打断功能,可以富集染色质局部开放区域上的基因组DNA短片段(通常80-300 bp),这些短片段被当作开放染色质的信号。
iNature - ATAC-seq技术再升级,单分子测序,单细胞染色质可及性测序技术 - 2022-11-13
NATURE:染色质碎裂助力肿瘤耐药
通过额外的几轮染色体碎裂,ecDNA的结构进化进一步提高了药物耐受性。原位Hi-C测序显示,ecDNAs优先存在于染色体末端附近,当DNA损伤时,它们会在那里重新整合。
MedSci原创 - 染色质重塑,肿瘤耐药性 - 2020-12-26
Front Immunol:单细胞分辨下系统性红斑狼疮患者外周血单核细胞染色质可及性的研究
系统性红斑狼疮(SLE)是一种多种免疫细胞参与的自身免疫性疾病。我们的目标是在单细胞分辨率下揭示SLE患者外周血单个核细胞(PBMC)染色质的可及性,并识别可能驱动异常免疫反应的转录因子(TF)。
MedSci原创 - 系统性红斑狼疮,外周血单核细胞,染色质可及性,单细胞分辨 - 2022-03-18
Circulation:染色质的CTCF环参与心衰应激性基因表达
在细胞核中,人类基因组具有三维空间结构,折叠形成数千个染色质环,包裹基因和顺式调控元件,以精准调控基因表达。染色质环由DNA结合蛋白CTCF和内聚蛋白环复合物锚定。鉴于心衰存在标志性的基因表达变化,近期有研究报道,CTCF相关的染色质重组是心肌应激性基因表达的基础,与CTCF敲除过程中所发生的染色质结构域边界的变化一致。研究人员采用心肌压力超负荷的小鼠模型和特异性敲除心肌Ctcf的小鼠模型,对染色
MedSci原创 - CTCF,染色质,心衰,应激反应 - 2019-04-21
Nat Commun:开放染色质分析可帮助找到白血病细胞起源
他们使用的这种新方法叫做开放染色质的全基因组分析。相关研究结果发表在国际学术期刊Nature Communication上。
生物谷 - 染色质,白血病细胞 - 2016-07-13
Nature:樊荣团队发表空间分辨测序新技术,首次实现小鼠和人类组织原位染色质可及性分析
该合作团队新开发的Spatial-ATAC-seq这一基于新一代测序技术的全新空间组学技术,可用于分析完整组织切片的染色质可达性,同时保留空间信息。
测序中国 - 新一代测序技术 - 2022-08-28
Nat Commun:循环CD8+T细胞的染色质可及性预测胃癌患者对抗PD-1疗法的应答
关于持续性抗原刺激(如慢性病毒感染和肿瘤)引起的免疫细胞衰竭和肿瘤浸润淋巴细胞(TIL)功能障碍的研究显示,细胞表面蛋白与免疫细胞的功能受损有关。
MedSci原创 - 胃癌,抗PD-1疗法,循环CD8+T细胞,染色质可及性 - 2021-02-18
Nature:染色质组织方式决定肿瘤细胞区域性突变率
7月22日,Nature杂志在线报道,染色质组织方式对人类癌细胞中区域性突变率具有重大影响。 癌症基因组测序,提供了人类体细胞整个基因组的基因突变率差异的第一手资料。通过检测各种遗传学和表观遗传学指标,研究者发现,癌症细胞基因组的基因突变率与染色质组织方式存在惊人的相关性。事实上,在百万碱基数量级上,一个单一的染色质组织特性(异染色质相关组蛋白修饰H3K9me3的水平),可以导致40%以上的
生物谷 - 染色质,肿瘤细胞,区域性,突变率 - 2012-07-25
Nature子刊:染色质可及性改变在儿童B-ALL的发生、药物反应和耐药复发中的重要作用
从染色质可及性的角度对复发B-ALL基因组特征进行分析,详细描绘了儿童 B-ALL 的染色质可及性图谱,发现了药物治疗相关的染色质可及性改变,并进一步确定了一组早期复发的 B-ALL 亚群。
儿童肿瘤前沿 - B细胞急性淋巴细胞白血病 - 2023-10-31
Circulation:广泛的染色质重塑会增加心衰的风险
既往研究表明心血管疾病与患者心脏的表观遗传改变有关,然而,心肌细胞的内源性染色质结构目前尚未阐明。本研究在压力负荷诱导心肌细胞肥大的成人心脏组织中进行全基因组染色体构象捕获(Hi-C)和DNA测序。此外,构建心脏特异性敲除CTCF(普遍存在染色质的一种结构蛋白)小鼠模型,研究CTCF蛋
MedSci原创 - 心衰,染色质重塑,表观遗传 - 2017-08-13
Blood:异染色质极端破坏会加速造血系统衰老
异染色质丢失一直被认为是不同物种、不同类型细胞衰老的一个普遍机制。然而,目前对于异染色质丢失所引起的造血系统改变的综合分析还有待研究。此外,既往研究报道的在衰老过程中主要的异染色质组蛋白甲基转移酶Su
MedSci原创 - 造血细胞,异染色质,Suv39h1,Suv39h2 - 2020-04-22
Cell:染色质“接吻”能调控基因的表达
一项突破性的研究发现将对我们了解我们的遗传蓝图 DNA 的功能产生重大的影响,来自南非的科学家们第一次揭示了,当基因在三维空间中互作,或可说是参与“基因接吻”(gene kissing)时,对于细胞内的基因开启会造成重大的影响
MedSci原创 - 染色质 - 2013-11-20
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