circNet:人类环状RNA数据库(cirRNA)介绍及使用说明

2020-08-15 MedSci MedSci

circNet是一个环状RNA的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下:https:

circNet是一个环状RNA的数据库,不仅收录了cirRNA的基本信息,还提供了环状RNA在不同组织中的表达谱数据以及circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络,网址如下:https://syslab5.nchu.edu.tw/CircNet/

数据库构建的流程如下所示

从SRA数据库中收集了来自26个不同组织,共464个样本的RNA_seq数据,利用find_circ软件预测其中的环状RNA,共预测到212950个环状RNA,和circBase数据库相比,其中有53687个是新的环状RNA。为了降低假阳性,选取junction reads大于3的环状RNA作为高可信度的环状RNA,最终得到34000个环状RNA。

软件预测环状RNA只会给出连接点在基因组上的位置,意味着我们只能确定环状RNA的头尾,无法直接确定中间的序列信息,为此,该数据库根据下图所示策略去注释环状RNA的序列信息

图A表示对于头尾都对应exon的环状RNA,在注释序列时,将所有eoxn的组合情况都列出,作为circRNA的多个isoform;图B表示对于剪切位点在内含子上的环状RNA,注释其序列时将exon两侧的intron序列也包含进去;图C表示环状RNA头尾位于已知基因的反义链时,直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列;图D表示对于头尾在基因间区的环状RNA,和图C同样的做法,直接根据头尾的染色体位置截取序列最终该环状RNA的序列。

根据环状RNA的序列,通过targetScan软件预测与miRNA的相互作用,然后再结合miRTarBase和miRBase数据库中的miRNA与基因的调控关系,构建了circRNA-miRNA-gene的ceRNA调控网络。

在官网首页可以以基因为单位检索对应的ceRNA调控网络,以ZEB1为例,示意如下

图例如下所示

紫色节点代表环状RNA,黄色节点代表miRNA,蓝色节点代表gene;红色连线用于连接miRNA和靶标基因,绿色连线用于连接gene和环状RNA, 蓝色连线用于连接circRNA和miRNA。

在右侧面板会显示在不同组织中的表达量,环状RNA与miRNA的相互作用网络等信息,更多细节请参考官网的使用手册。

版权声明:
本网站所有注明“来源:梅斯医学”或“来源:MedSci原创”的文字、图片和音视频资料,版权均属于梅斯医学所有。非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明“来源:梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章,本网所有转载文章系出于传递更多信息之目的,转载内容不代表本站立场。不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。
在此留言

相关资讯

收藏:表观遗传学常用工具及数据库

生物信息学在表观遗传领域里面的应用,还是依据表观遗传学的分类的,包括 DNA 甲基化修饰、组蛋白修饰,还有非编码 RNA 的调控,在我的 p 里面呢,我会从下面的三个部分来帮助大家走进生物信息学。

常用的生物学数据库及网站介绍

在这个信息大爆炸的年代,浩瀚的信息流如同汪洋大海一般,将每个人都紧紧环绕。如何利用已有的工具从中筛选有用信息,对我们每个人,尤其是科研人而言,尤为重要。

公开数据库推荐:MIMIC,可以利用数据发SCI文章

很多医生想通过挖掘临床数据库发表SCI,但是因时间精力有限等原因未能建立自己的专科数据库,或因一些重症患者资料过少,难以分析。不过我们身处于大数据时代,只要用心,数据的获取并不难。目前国内外已经有很多免费对外开放的大样本的临床数据库,只要通过一定的申请,就可以获得相应的数据。今天先跟大家分享的是MIMIC重症监护数据库(https://mimic.physionet.org/)。MIMIC是由麻省

Prostate Cancer P D:前列腺癌患者前列腺切除术后男性的死亡日期和死因调查

国家死亡指数(NDI)是一个集中式的数据库,包含了死亡证明相关信息,这些信息被健康和医疗调查人员用来参考确定人口动态统计情况。然而,该数据库经常包含错误的死因。由于NDI依赖于前列腺癌(PC)患者根治性前列腺切除(RP)相关研究的治疗结果数据,最近,有研究人员通过参考SEARCH数据库的死亡数据来确定NDI数据的可靠性。研究发现,在SEARCH中共有1312名男性死亡,然而,NDI却报道这些男性的

国际首个人类肿瘤放疗增敏数据库诞生

记者从中科院合肥物质科学研究院了解到,技术生物与农业工程研究所研究员赵国平课题组、吴李君课题组与安徽大学夏俊峰教授合作,在前期工作基础上开发建立了人类肿瘤放疗增敏数据库dbCRSR。该成果是国际上首个关于人类肿瘤放疗相关基因的多组学整合数据库。研究成果发表在《数据库:生物数据库与管理》。放射治疗是治疗恶性肿瘤的重要手段之一。在分子生物学指导下提高肿瘤对射线的敏感性以及改善放射抗拒肿瘤的放射效果是放

Database:中科院合肥物质院完成首个人类肿瘤放疗增敏数据库

记者从中科院合肥物质科学研究院了解到,技术生物与农业工程研究所研究员赵国平课题组、吴李君课题组与安徽大学夏俊峰教授合作,在前期工作基础上开发建立了人类肿瘤放疗增敏数据库dbCRSR。该成果是国际上首个关于人类肿瘤放疗相关基因的多组学整合数据库。研究成果发表在《数据库:生物数据库与管理》。