兰州大学全新预测:此轮本土疫情预计感染3.5万人,4月初得到控制

2022-03-16 Swagpp MedSci原创

多国出现新重组毒株——德尔塔克戎!

近期我国多地频发疫情,从3月1日0时至3月14日24时,中国内地新增本土确诊病例9011例,波及全国27个省份。是自武汉疫情以来,内地最严重的一次。

根据卫健委数据,从3月1日0时至3月14日24时,中国内地无症状感染者7241例。排除一些由无症状转阳的案例,3月以来,全国新冠感染者已经超过15000例

兰州大学《新冠肺炎疫情全球预测系统》的初步预测结果显示,在当前政府采取的及时、有效的管控措施下(图1蓝色实线)内地本轮疫情预计将于2022年4月初得到控制,预计累计感染约3.50万人(2.47万-4.53万,蓝色虚线)。这里所说的3.5万人,包含了本土确诊病例和无症状感染者。

图片

2022年3月中国内地疫情初步预测结果(图源:兰州大学官网)

中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友在接受采访时表示,由于奥密克戎传染性强、隐匿性强,症状比较轻,增加了第一时间发现最早病例的难度,这就造成了多省多起疫情同时发生。

按照兰州大学的预测,本周我国将迎来疫情的峰值,也是转折点。现阶段疫情最严重的地区,吉林省也于14日召开防疫会议,表示力争一周实现社会面清零。期待疫情能在一周内迅速得到控制。

然而,反观全球情况,我国部分周边国家和地区新增病例仍快速增长,给国内防疫增加了压力。

韩国单日新增确诊病例连续3天超过30万例,最高达38万例;越南单日新增确诊病例已连续6天超过16万例,最高达45万例;香港每日新增仍维持在较高位,根据香港大学此前估计,最多会有430万人感染,超过总人口数的40%......

不仅如此,一个新变种的横空出世,使得全球范围内“战胜疫情”的梦想破灭。世界卫生组织于3月9日表示,目前多国检测到新的新冠病毒变体,它是德尔塔(delta)和奥密克戎(omicron)变体的组合,被称为“德尔塔克戎(deltacron)”。

近日,法国巴斯德研究机构表示,他们已经在法国多个地区发现了十余例AY.4(德尔塔)和BA.1(奥密克戎)相结合的变体,最早的一例可能出现在1月17日。目前,这一变体在法国、荷兰、丹麦、英国、美国等国家相继检测出。截至目前为止,已有17例确诊,101例疑似,正在等待基因测序结果。

图片

WHO发布会现场

那么,这个新变体究竟从何而来?

德尔塔克戎,是德尔塔和奥密克戎通过重组得到的杂交新变体。新毒株的诞生,是由德尔塔和奥密克戎同时感染了一名患者,并完成遗传物质的交换,产生了新的重组后代。

这种新生的病毒,有自己的基因组,可以完成复制,是独立的个体(可以粗略地将德尔塔克戎理解为,是德尔塔和奥密克戎的娃儿

图片
doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.03.22271812

3月9日,美国学者在medRxiv上发文,证实德尔塔克戎在美国出现,提供了德尔塔和奥密克戎合并感染和重组的证据,实锤新毒株的存在。目前该文章属于预印本,尚未通过同行评审。

要找到德尔塔克戎,首先要框定德尔塔和奥密克戎同时存在的时间段。研究者于2021年11月至2022年2月期间,收集了29,719例阳性样本,并对其进行基因测序和谱系的确定。见下图:

图片

doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.09.22272113

12月6日以前,德尔塔一直是主导毒株,奥密克戎尚未席卷美国;而1月17日之后一周,奥密克戎变异株迅速增长,占据总病例数的99%以上。

2021年12月6日-2022年1月23日之间,由于两种变体同时存在,因重组而产生合体变异株的可能性也大大增加。

于是,学者重点分析了12月6日-1月23日的16386份序列数据。在收集的所有样本中,共有20个德尔塔与奥密克戎合并感染的情况,这些样本主要集中在去年12月,两种变体占比接近的时候。

图片

doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.09.22272113

当合并感染发生时,某些宿主细胞不可避免地包含两种变体,从而引起重组。当重组体具备了复制能力,研究学者就能从测序中检测到它。

以合并感染的样本16为例,来自德尔塔(橙色)突变的等位基因在基因组5'末端处于高位,但到了控制新冠病毒S蛋白(刺突蛋白,使病毒能进入细胞的蛋白)的基因处,迅速下降,并保持在这一水平,持续到3'末端。而来自奥密克戎(蓝色)突变的等位基因,在S基因及之后的3'末端占据了半壁江山。

该图谱表明,在样本16中,德尔塔与奥秘克戎存在一处重组,断点位于S:214EPEins之前(图中灰色区域)

图片

doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.09.22272113

在确定合并感染能产生具有复制能力的病毒后,研究学者继续寻找完全由德尔塔克戎组成的样本。最终,研究学者确定了2例重组样本,5'末端有多个连续的德尔塔突变,在S基因与3'末端则由奥密克戎主导不过,这两个重组体的断点还略有不同:重组样本1的断点在 S:G339D 附近,重组样本2则在 S:T19R 附近。

图片doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.09.22272113

“德尔塔克戎是真实存在的,我们排除了污染和技术产物的可能性,它是真正的重组变体。”作者在讨论中解释道,“但这种变体的传播性以及毒力目前并不清楚,且非常罕见。”

WHO新冠技术负责人Maria van Kerkhove在接受采访时表示,出现这种新变种完全是意料之中的,尤其是在奥密克戎和德尔塔的“猛烈攻势”下。目前对于德尔塔克戎的研究很少,她补充道,自己的团队正在跟踪研究这种新变种。

参考资料

[1] Evidence for SARS-CoV-2 Delta and Omicron co-infections and recombination. Alexandre Bolze, Simon White, Tracy Basler, Andrew Dei, Rossi, Pavitra Roychoudhury, Alexander, L. Greninger, Kathleen Hayashibara, Dana Wyman, Eric Kil, Hang Dai, Tyler Cassens, Kevin Tsan, Jason Nguyen, Jimmy Ramirez, Scotty Carter, Elizabeth T. Cirulli, Kelly Schiabor, Barrett, Pedro Belda-Ferre, Nicole, L Washington, Sharoni Jacobs, Efren Sandoval, David Becker, James, T Lu, Magnus Isaksson, William Lee, Shishi Luo. medRxiv 2022.03.09.22272113; doi: <a href="https://doi.org/10.1101/2022.03.09.22272113" 

[2] http://covid-19.lzu.edu.cn/info/1113/2477.htm

版权声明:
本网站所有内容来源注明为“梅斯医学”或“MedSci原创”的文字、图片和音视频资料,版权均属于梅斯医学所有。非经授权,任何媒体、网站或个人不得转载,授权转载时须注明来源为“梅斯医学”。其它来源的文章系转载文章,或“梅斯号”自媒体发布的文章,仅系出于传递更多信息之目的,本站仅负责审核内容合规,其内容不代表本站立场,本站不负责内容的准确性和版权。如果存在侵权、或不希望被转载的媒体或个人可与我们联系,我们将立即进行删除处理。
在此留言
评论区 (2)
#插入话题
  1. [GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=1203335, encodeId=d1061203335dd, content=看把兰州大学给能耐的!每次疫情都来预测, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=89, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=/v1.0.0/img/user_icon.png, createdBy=be2b5526575, createdName=ms5000001499761472, createdTime=Thu Mar 17 05:04:28 CST 2022, time=2022-03-17, status=1, ipAttribution=), GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=1588983, encodeId=4a7c15889839d, content=<a href='/topic/show?id=899d2996e09' target=_blank style='color:#2F92EE;'>#兰州#</a>, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=39, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[TopicDto(id=29967, encryptionId=899d2996e09, topicName=兰州)], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=null, createdBy=82ab17645625, createdName=kalseyzl, createdTime=Thu Mar 17 11:20:23 CST 2022, time=2022-03-17, status=1, ipAttribution=)]
    2022-03-17 ms5000001499761472

    看把兰州大学给能耐的!每次疫情都来预测

    0

  2. [GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=1203335, encodeId=d1061203335dd, content=看把兰州大学给能耐的!每次疫情都来预测, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=89, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=/v1.0.0/img/user_icon.png, createdBy=be2b5526575, createdName=ms5000001499761472, createdTime=Thu Mar 17 05:04:28 CST 2022, time=2022-03-17, status=1, ipAttribution=), GetPortalCommentsPageByObjectIdResponse(id=1588983, encodeId=4a7c15889839d, content=<a href='/topic/show?id=899d2996e09' target=_blank style='color:#2F92EE;'>#兰州#</a>, beContent=null, objectType=article, channel=null, level=null, likeNumber=39, replyNumber=0, topicName=null, topicId=null, topicList=[TopicDto(id=29967, encryptionId=899d2996e09, topicName=兰州)], attachment=null, authenticateStatus=null, createdAvatar=null, createdBy=82ab17645625, createdName=kalseyzl, createdTime=Thu Mar 17 11:20:23 CST 2022, time=2022-03-17, status=1, ipAttribution=)]
    2022-03-17 kalseyzl

相关资讯

双毒合一!德尔塔克戎变体被首次证实

这意味着人们通过疫苗或感染获得的针对奥密克戎的抗体防御,应该同样有效地对抗杂交变体德尔塔克戎。