Nat Commun：炎症反应介导肠道基因表达影响炎症性肠病患者相关基因突变
2021-02-22 xiaozeng MedSci原创
炎症性肠病（IBD）是一种免疫介导的疾病，其包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC），特征为胃肠道的慢性炎症。
炎症性肠病（IBD）是一种免疫介导的疾病，其包括克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC），特征为胃肠道的慢性炎症。IBD的病因尚不完全清楚，且患者无法治愈，目前的相关治疗策略仅对少数患者表现出长期的疗效。此外，在西方国家中该疾病的患病率正逐年上升，因此需要更好地了解该病的发病机制。
IBD作为一种复杂的遗传疾病，迄今为止已鉴定出超过240个IBD相关易感基因座。这些基因座中的基因突变或许对于该病的发病有所贡献，但目前仅对少数风险基因阐明了明确的致病机理，且仅因少数原因就证实了因果关系。
遗传突变可以通过顺式表达定量性状基因座（cis-eQTL）来影响突变位点邻近基因的转录。迄今为止，cis-eQTL的研究主要在一般人群中进行，这些研究也揭示了IBD相关风险基因座内的调控模块，而这些模块也指向了这些基因座中的假定候选基因。然而，目前关于IBD中的相关研究cis-eQTL仍较少且有限。
炎症依赖性cis-eQTL
在该研究中，研究人员假设患者的遗传突变以炎症依赖性的方式影响基因的表达，并分析了171名IBD患者的299份发炎及未发炎的肠粘膜活检样本，通过RNA测序分析，并采用全外显子组测序和全基因组基因分型技术鉴定相关基因型。
实验分析共包括了28,746个基因和6,894,979个SNP。通过线性混合模型，研究人员确定了8,881个独立的肠道cis-eQTL，且通过相互作用分析，揭示了190个炎症依赖性肠道cis-eQTL，其中包括了已知的IBD风险基因和编码免疫细胞受体和抗体的基因。进一步的研究显示，炎症依赖性cis-eQTL SNP（eSNP）主要与免疫细胞的类型比例相关。
炎症依赖性cis-eQTL与细胞类型富集的关系
总而言之，在炎症条件下，炎症依赖性肠道cis-eQTLs揭示了患者的遗传易感性，可帮助鉴定参与炎症反应的细胞类型和潜在的炎症发生途径，这些发现或可指导未来的药物开发并为IBD患者的精准医疗提供一定的理论基础。
原始出处：
Hu, S., Uniken Venema, W.T., Westra, HJ. et al. Inflammation status modulates the effect of host genetic variation on intestinal gene expression in inflammatory bowel disease. Nat Commun 12, 1122 (18 February 2021).
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