Nature：17个基因可预测AML患者的生存
2016-12-13 测序中国 测序中国
多伦多大学领导的一个国际研究小组发现，来自白血病干细胞的17个基因的标签，可以预测急性骨髓性白血病（AML）患者对治疗的响应情况。他们分析了78名AML患者样本中白血病干细胞和非白血病干细胞之间的基因表达差异，找到了17个差异表达的核心基因。这组基因的评分高与不良预后相关，可以用来识别不能从标准治疗中受益的患者。相关研究结果发表在Nature上。文章作者Jean Wang说，“不论AML患者在哪里
多伦多大学领导的一个国际研究小组发现，来自白血病干细胞的17个基因的标签，可以预测急性骨髓性白血病（AML）患者对治疗的响应情况。他们分析了78名AML患者样本中白血病干细胞和非白血病干细胞之间的基因表达差异，找到了17个差异表达的核心基因。这组基因的评分高与不良预后相关，可以用来识别不能从标准治疗中受益的患者。相关研究结果发表在Nature上。
文章作者Jean Wang说，“不论AML患者在哪里进行治疗，这组基因都可以用来预测他们的生存。利用该17个基因的评分，我们也可以快速评估新诊断的AML患者的风险。”
基于干细胞的17-基因评分与AML患者的生存相关
Wang等人从78名AML患者中分选了83个细胞样本，评估这些细胞组分的白血病干细胞活性。通过比较白血病干细胞和非白血病干细胞之间的基因表达，研究人员找到了100多个基因，它们在两种细胞之间的表达差异超过2倍。
利用基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）中495名患者的数据集——该数据集含有研究者所选104个基因中的89个，研究人员试图找到核心的一组基因，使用统计回归算法，他们获得了一个17个基因的标签，并称之为LSC17。
通过计算这17个基因表达的加权和，研究者发现，较高的LSC17评分与总生存期（overall survival）和无事件生存期（event-free survival）较低相关。在诊断时，评分高的患者具有更高的骨髓原始细胞百分比，更高的FLT3内部串联重复突变发生率，不利的细胞遗传学特征，以及高复发率和对化疗的反应率较低。
研究人员随后在3个独立的AML队列中证实了LSC17评分与生存之间的关联。
LSC17评分可以广泛地用于AML患者的临床预后
为了将该基因评分用于临床，研究者们将它整合到定制的NanoString分析中。他们在来自玛格丽特公主癌症中心（PrincessMargaret Cancer Centre）的307名AML患者中测试了该定制的检测。结果发现，与较低评分相比，较高的LSC17评分与不良预后、较短的总生存期，以及较短的无事件生存期和无进展生存期（progression-free survival）相关。
研究人员指出，即使是对细胞遗传学特征正常的AML患者，LSC17评分在多变量生存分析中也具有预测价值。这表明基于NanoString分析的评分具有广泛的适用性和强有力的预后价值。
对于接受异体干细胞移植（aSCT）的患者，LSC17评分高也与较差的预后相关。由于aSCT治疗的死亡风险，这种治疗通常只用于复发风险高的患者。研究人员建议将LSC17评分用于判断哪些患者可以接受aSCT治疗。
另外，研究者还发现，在玛格丽特公主癌症中心的患者队列中，LSC17评分还可以预测新诊断患者的治疗抵抗性。他们进一步分析了ALFA-0701试验的数据，发现LSC17评分低的患者可以从标准化疗联合吉妥单抗（gemtuzumab ozogamicin，GO）治疗中受益。LSC17评分可用于识别从这种治疗中获益的患者。
Wang说，“LSC17评分是目前可用于AML的最强大的预测和预后生物学标志物，也是用于人类癌症的第一个基于干细胞的生物标志物。临床医生可以使用该工具分析AML患者的风险，进行个性化治疗。”
原始出处：
Stanley W. K. Ng,et al. A 17-gene stemness score for rapid determination of risk in acute leukaemia. Nature.07 December 2016.
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