PLoS One：慢性肺疾病患儿上下气道微生物群的比较
2018-08-12 MedSci MedSci原创
下呼吸道微生物群在正常免疫发育和慢性肺病（CLD）中发挥重要作用。幼儿不能咳痰，且由于上呼吸道样本是否反映下呼吸道微生物群的不确定性，迄今为止几乎没有纵向儿科研究。本研究旨在评估咽拭子（TS）和咳嗽拭子（CS）是否能代表下呼吸道微生物群。前瞻性收集49例接受纤维支气管镜检查的儿童进行TS，CS，支气管肺泡灌洗和支气管刷。提取细菌DNA，使用Illumina MiSeq对16S rRNA基因V4区域
下呼吸道微生物群在正常免疫发育和慢性肺病（CLD）中发挥重要作用。幼儿不能咳痰，且由于上呼吸道样本是否反映下呼吸道微生物群的不确定性，迄今为止几乎没有纵向儿科研究。本研究旨在评估咽拭子（TS）和咳嗽拭子（CS）是否能代表下呼吸道微生物群。
前瞻性收集49例接受纤维支气管镜检查的儿童进行TS，CS，支气管肺泡灌洗和支气管刷。提取细菌DNA，使用Illumina MiSeq对16S rRNA基因V4区域进行测序。
结果，从168个样本（47个TS，37个CS，42个BALF和42个支气管刷）获得597万个高质量读数。CS测序不佳。在社区层面，下呼吸道样本与TS之间的α多样性（丰富度，均匀度或Shannon多样性指数）无差异（P> 0.05）。与TS的采样方法相关的β多样性变异小于6.31％（P = 0.001）。病理学和个体患者之间的差异比TS和下气道样本之间的差异更大（20％，54％，P≤0.001）。样本间相对丰度存在很强的相关性（r = 0.78，P <0.001）。对于其中一种样品类型由单一生物占优势的个体，观察到上气道样品和下气道样品之间的相似性较小。
综上所述，该研究结果表明，在社区结构层面，TS与较低气道样本相关并区分不同的CLD。 TS可能是研究不同CLD之间呼吸微生物群纵向变化差异的有用样本。然而，差异太大，无法将TS用于临床决策。
原始出处：
Ahmed B, Cox MJ, et al., Comparison of the upper and lower airway microbiota in children with chronic lung diseases. PLoS One. 2018 Aug 2;13(8):e0201156. doi: 10.1371/journal.pone.0201156. eCollection 2018.
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