【衡道丨笔记】3034例结直肠癌不同检测平台分子检测结果分析

 一、样本队列

• 2022年1月-2023年1月 3034例结直肠样本；

• 包括手术标本与活检标本；

• 包括原发灶和转移灶。

 二、检测方法

同一样本同时行ARMS与NGS检测。

• ARMS检测采用AmoyDx® 人类KRAS/NRAS/PIK3CA/BRAF基因突变联合检测试剂盒；

• NGS采用AmoyDx® HANDLE Classic NGS Panel。

 三、检测位点范围

1、ARMS法检测位点

2、NGS法检测范围

 四、结果判读标准

1、ARMS判读标准：

• 阴性；

• 阳性；

• 有扩增曲线升起，未达阳性判读标准。

2、NGS阳性判读标准：

• 核心基因区段热点突变：≥0.5%，AltDepth≥4；

• 其他区域热点、非热点突变：≥3%，AltDepth≥4。

 五、ARMS与NGS各自特点

1、ARMS：

• 检测速度快；

• 检测已知突变；

• 灵敏度约1%；

• 存在低频突变时与NGS相互验证。

2、NGS

• 可同时检测多种变异类型；

• 可检测未知突变；

• 可检测出具体突变类型、突变丰度；

• 通量高、周期长；

• 灵敏度：突变1%、融合100拷贝。

 六、ARMS法与NGS法检测出总KNPB突变率差异分析

NGS法比ARMS法检测出更多突变位点。

ARMS阴性样本中，有15.14%检测到KNPB突变

KRAS突变：

NGS比ARMS多检出53例Ⅰ类变异，1.75%；多检出11例Ⅲ类变异，0.36%。

NRAS突变：

NGS比ARMS多检出10例Ⅰ类变异，0.33%；多检出4例Ⅲ类变异，0.13%。

BRAF突变：

NGS比ARMS多检出60例Ⅱ类变异，1.98%；多检出18例Ⅲ类变异，0.59%。

PIK3CA突变：

NGS比ARMS多检出462例Ⅱ类变异，15.23%；多检出27例Ⅲ类变异，0.89%。

• ARMS阴性、NGS阳性41例，占比1.35%；

• ARMS阳性、NGS阴性病例7例，占比0.23%；

 七、多平台比对的意义

• ARMS检测易开展，可快速出具报告，满足危急病人需求，NGS可进行更加全面的补充；

• 低频突变样本既存在NGS阳性ARMS阴性，也存在NGS阴性ARMS阳性。ARMS单检试剂盒灵敏度高于联合检测试剂盒；

• 低频突变样本需多平台比对，保证检测结果的准确性，以防漏检；

• 不一致率虽低，但检测量大，不一致总量大，需要多平台验证；

• 实验结果绝对准确与试验成本、时间成本之间存在矛盾。