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Nucleic Acids Res：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学<font color="red">数据</font>挖掘新算法——DeepST

Nucleic Acids Res：空间转录组学数据挖掘新算法——DeepST

研究团队研发了基于深度学习的空间域识别技术（DeepST）。DeepST使用预先训练好的深度神经网络模型从组织形态学信息（H&E染色图片）中提取图像特征，然后将提取的特征与基因表达和空间位置数据集成，

测序中国 - 数据挖掘，算法，空间转录组学 - 2022-10-24

Nat Biotechnol发表新<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学方法，同步实现<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>和代谢<font color="red">组</font>的<font color="red">空间</font>多模态精确分析

Nat Biotechnol发表新空间组学方法，同步实现转录组和代谢组的空间多模态精确分析

研究团队证明了在单个组织切片中结合SRT和MALDI-MSI并保留两种模式的特异性和敏感性的可能性，并在多巴胺和帕金森病条件下的小鼠和人类大脑样本中证明了该方法的潜力。

测序中国 - 空间多模态精确分析 - 2023-10-03

Genome Res：变分图卷积自编码器框架——PAST，可融合外部参考<font color="red">数据</font>进行<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font><font color="red">数据</font>降维分析

Genome Res：变分图卷积自编码器框架——PAST，可融合外部参考数据进行空间转录组数据降维分析

该模型不仅可以有效提取空间转录组数据的低维表示特征，辨识空间功能区域（Spatial Domains），还能够促进数据可视化、发育轨迹推断和伪时序分析等多种下游任务。

测序中国 - 空间转录组 - 2023-11-09

<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法EEL FISH：可实现高复用、高<font color="red">空间</font>通量和高分辨的原位单细胞分析

空间转录组学方法EEL FISH：可实现高复用、高空间通量和高分辨的原位单细胞分析

大脑是一个高度结构化的器官，包含多种细胞类型，具有复杂的空间模式组织。目前研究分析这些不同细胞类型之间的组织和空间关系仍具有挑战性。

测序中国 - 空间转录组学方法，高空间通量，高分辨的原位单细胞分析 - 2022-11-13

Science：利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学技术可视化观察组织中的基因表达

Science：利用空间转录组学技术可视化观察组织中的基因表达

在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的

生物谷 Bioon.co - 转化医学，转录，RNA - 2016-07-04

Nature：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

Nature：空间转录组学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

研究员通过高分辨率的空间和单细胞转录组学分析，研究者能够在分子和细胞层面上阐明BLA在长期记忆中的作用。

生物探索 - 长期记忆，BLA，空间转录组学 - 2024-02-13

Nature Genetics：BANKSY：革命性算法，重塑<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学<font color="red">数据</font>分析

Nature Genetics：BANKSY：革命性算法，重塑空间组学数据分析

该算法作为一种创新的空间组学数据分析工具，其主要功能是将空间组学数据中的细胞根据类型和组织域进行有效分类。

生物探索 - 空间组学，BANKSY - 2024-03-04

NAR：深圳国家基因库/华大生命科学研究院发表<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学<font color="red">数据</font>共享、分析和可视化综合<font color="red">数据</font>库STOmicsDB

NAR：深圳国家基因库/华大生命科学研究院发表空间转录组学数据共享、分析和可视化综合数据库STOmicsDB

文章介绍了一站式空间转录组学数据库STOmicsDB，有助于空间转录组学领域的数据存档、共享、可视化和分析。

测序中国 - 空间转录组学，可视化综合数据库 - 2023-12-19

SPATA：基因集驱动的<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font>组分析框架

SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架

SPATA -

简书 - 生物信息学，空间转录组 - 2021-02-06

Nature：基于<font color="red">空间</font>分辨<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学分析良、恶性组织拷贝数状态，揭示全基因<font color="red">组</font>CNV的独特克隆模式

Nature：基于空间分辨转录组学分析良、恶性组织拷贝数状态，揭示全基因组CNV的独特克隆模式

研究团队对前列腺器官进行了深入的空间分析，生成了一个前所未有的图谱，包含单个患者多达50000个组织结构域以及10个患者约120000个组织结构域。

测序中国 - 全基因组，克隆模式 - 2022-08-28

<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学新方法FISHnCHIPs可准确映射细胞类型

空间转录组学新方法FISHnCHIPs可准确映射细胞类型

研究团队提出了一种灵敏、稳健、可扩展的空间转录组学方法“FISHnCHIPs”，可对细胞类型和基因表达程序进行原位分析。

测序中国 - 空间转录组学，FISHnCHIPs - 2024-04-15

Nat Biotechnol：单细胞和<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>的高分辨率比对方法CytoSPACE，可重建复杂组织

Nat Biotechnol：单细胞和空间转录组的高分辨率比对方法CytoSPACE，可重建复杂组织

CytoSPACE是一个通过全局优化来分析单细胞和空间转录组的工具。与其他方法不同，CytoSPACE确保全局最优的单细胞比对。

测序中国 - 空间转录组，CytoSPACE - 2023-03-29

Science：<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学技术概览与展望

Science：空间组学技术概览与展望

该综述系统地介绍了空间组学技术的丰富种类，阐明了其原理、优势和局限性，并就这一领域目前面临的挑战提供了观点和建议。

测序中国 - 空间组学 - 2023-08-26

Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/高月团队开发<font color="red">空间</font>解卷积算法Bulk2Space，将Bulk<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>重构至单细胞<font color="red">空间</font>分辨率

Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space，将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率

Bulk2Space具有很好的生物学和临床应用前景，包括揭示细胞的空间特异性变异，发现新基因的空间表达模式，实现更精细的细胞聚类，预测分子疾病进展的潜在机制等。

测序中国 - Bulk2Space，Bulk转录组，单细胞空间分辨率 - 2022-11-26

Nature子刊：范骁辉/陈华钧/高月团队开发<font color="red">空间</font>解卷积算法Bulk2Space，将Bulk<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>重构至单细胞<font color="red">空间</font>分辨率

Nature子刊：范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space，将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率

与RCTD、SpatialDWLS、stereoscope和SPOTlight等传统空间解卷积算法不同，Bulk2Space可以基于批量RNA-seq生成空间分辨的单细胞转录组学数据。

测序中国 - 单细胞，空间分辨率 - 2022-11-24

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