PNAS:谢晓亮课题组开发新型单细胞甲基化与羟甲基化测序技术
该研究利用该技术描绘了小鼠早期胚胎发育过程中甲基化、羟甲基化以及半甲基化修饰的动态变化,揭示了小鼠早期胚胎甲基化重编程过程中主动/被动去甲基化的活力变化以及参与父母本基因表达调控机制的差异。
测序中国 - DNA甲基化,单细胞甲基化,羟甲基化测序技术 - 2023-12-19
Genome Med:单个cfDNA样本产生2亿个reads!新纳米孔测序方法揭示癌症cfDNA单分子甲基化谱
该文章介绍了一种纳米孔单分子测序方法,用于有效地表征癌症患者cfDNA的甲基化谱。
测序中国 - cfDNA - 2024-04-26
Genome Biology | 纳米孔测序可用于检测cfDNA的细胞起源和癌症特异性甲基化特征
该研究结果表明,基于cfNano和Illumina的WGS和WGBS方法在检测DNA甲基化、片段化和CNA的癌症特异性特征方面性能基本一致。
测序中国 - 细胞起源,纳米孔测序,检测cfDNA - 2022-08-09
eLife | 基于cfDNA甲基化和片段组学多模态分析,实现多癌种早检及定位
研究团队开发了一种被称为“SPOT-MAS”的多模态方法,通过DNA甲基化及其大小检测肿瘤是否存在,全面分析cfDNA的甲基组学、片段组学、DNA拷贝数和末端基序,可从单一筛查中同时检测和定位癌症。
测序中国 - cfDNA甲基化 - 2023-08-13
PNAS:北京大学谢晓亮团队开发新型单细胞甲基化与羟甲基化测序技术
该研究提出了一种无亚硫酸氢盐的单细胞全基因组5mC和5hmC分析技术,命名为Cabernet,它可以在高基因组覆盖率下以单碱基分辨率表征5mC和5hmC。
iNature - 测序,单细胞甲基化,羟甲基化 - 2023-12-28
Nat Commun:FinaleMe模型:基于血浆cfDNA片段化模式预测DNA甲基化水平和起源组织状态
研究团队开发了一种名为FinaleMe的计算方法,可预测每个cfDNA片段中每个CpG的DNA甲基化状态,并获得CpG位点的连续DNA甲基化水平;进一步从推断的甲基化模式中预测相关的起源组织状态。
测序中国 - cfDNA,DNA甲基化 - 2024-04-29
Sci:单细胞甲基化测序助你区分神经元
近日,Salk生物研究所领导的团队根据甲基化和调控特征,区分小鼠和人类大脑样本中的神经元亚型,并鉴定出人类额叶皮质中一组新的神经元。这项成果于周五发表在《Science》杂志上。
生物通 - 甲基化测序,单细胞,神经元 - 2017-08-11
JCEM:全基因组DNA低甲基化增加在甲状腺癌中扮演何角色?
尽管现在大家都知道全基因组DNA低甲基化是很多癌症发生发展的主要原因之一,但其在甲状腺癌中的作用还不清楚。
MedSci原创 - 全基因组DNA,低甲基化,甲状腺癌 - 2017-11-21
Acta Neuropathologica:全基因组DNA甲基化谱可区分静默和非静默性ACTH腺瘤
糖皮质激素腺瘤表达肾上腺皮质营养激素(ACTH),可能会导致库欣病(CD)。表达ACTH但不引起皮质醇过多的沉默ACTH腺瘤(SCA)可能表现出更具侵袭性的病程,根据WHO的分类,目前被归类为&ldq
MedSci原创 - DNA,库欣病,ACTH腺瘤 - 2020-07-20
PNAS:基于甲基化图谱及深度学习模型,实现cfDNA组织特异性定性及定量研究
研究团队开发了第一个cfDNA监督组织反卷积方法,一个基于深度神经网络(DNN) 的模型cfSort,其可用于敏感和稳健地定量cfDNA中的组织成分。
测序中国 - cfDNA,深度神经网络,甲基化图谱 - 2023-07-25
Nat Commun:甲基化测序捕捉三阴性乳腺癌表观遗传特性
Nature Communications上的研究报告中,来自澳大利亚悉尼加文医学研究所(Garvan Institute of Medical Research)的科学家们通过将乳腺癌患者机体的乳腺癌甲基化组同健康个体进行比较从而绘制出了一种新型的基因组图谱,其可以帮助揭示DNA如何被甲基化基团进行修饰,即DNA的甲基化过程。
生物谷 - 三阴性乳腺癌,甲基化测序 - 2015-02-05
Cancer Discov:基因组学、片段组学、甲基化组学“三位一体”,多模态cfDNA分析可高灵敏度识别早期癌症
该方法结合靶向Panel测序(TS)、低深度全基因组测序(sWGS)和游离甲基化DNA免疫共沉淀测序(cfMeDIP-seq),可在广泛的癌症谱中检测各种癌症相关的信号。
测序中国 - 细胞游离DNA,Li-Fraumeni Syndrome综合症,癌症谱,低深度全基因组测序 - 2023-11-22
全基因组甲基化研究技术原理介绍
DNA甲基化是基因组DNA的一种主要表观遗传修饰形式。近年来,大量研究表明DNA甲基化修饰对于维持正常细胞功能、传递基因组遗传印记、胚胎发 育以及人类肿瘤发生,起着至关重要的作用。甲基化研究成为表观遗传学的热点,相应的技术也是层出不穷,根据实验目的的不同,这些技术大体能够分成两类:全 基因组(高通量)甲基化研究技术以及特异性甲基化位点(低通量)研究技术。下面将介绍几种当前最常用的一些技术全
MedSci原创 - 甲基化,基因组 - 2014-02-05
全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing)用于全基因组DNA甲基化检测
表观遗传学研究已经证实了特定基因区域的DNA甲基化修饰对于染色体构象、基因表达调控机制有着重要影响,而全基因组DNA甲基化研究将是表观基因组学最为关注的内容之一。Bisulfite处理能够将基因组中未发生甲基化的C碱基转换成U,进行PCR扩增后变成T,与原本具有甲基化修饰的C碱基区分开来,再结合高通量测序技术,可绘制单碱基分辨率的全基因组DNA甲基化图谱。特定物种的高精确度甲基
MedSci原创 - DNA甲基化,基因组 - 2014-02-05
甲基化DNA免疫共沉淀测序原理及简介(MeDIP-seq)
MeDIP-Seq(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing)测序是基于抗体富集原理进行测序的全基因组甲基化检测技术,采用甲基化DNA免疫共沉淀技术,通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集 基因组上发生甲基化的DNA片段,然后通过高通量测序可以在全基因组水平上进行高精度的CpG密集的高甲基化区域研究。
MedSci原创 - 甲基化,免疫共沉淀 - 2014-02-05
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