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Science：利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学<font color="red">技术</font>可视化观察组织中的基因表达

Science：利用空间转录组学技术可视化观察组织中的基因表达

在一项新的研究中，来自瑞典卡罗琳斯卡研究所和皇家理工学院等机构的研究人员开发出一种新的被称作空间转录组学（spatial transcriptomics）的高分辨率方法研究一种组织中哪些基因是有活性的

生物谷 Bioon.co - 转化医学，转录，RNA - 2016-07-04

Nat Biotechnol发表新<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学方法，同步实现<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>和代谢<font color="red">组</font>的<font color="red">空间</font>多模态精确分析

Nat Biotechnol发表新空间组学方法，同步实现转录组和代谢组的空间多模态精确分析

研究团队证明了在单个组织切片中结合SRT和MALDI-MSI并保留两种模式的特异性和敏感性的可能性，并在多巴胺和帕金森病条件下的小鼠和人类大脑样本中证明了该方法的潜力。

测序中国 - 空间多模态精确分析 - 2023-10-03

Science：<font color="red">空间</font><font color="red">组</font>学<font color="red">技术</font>概览与展望

Science：空间组学技术概览与展望

该综述系统地介绍了空间组学技术的丰富种类，阐明了其原理、优势和局限性，并就这一领域目前面临的挑战提供了观点和建议。

测序中国 - 空间组学 - 2023-08-26

Nucleic Acids Res：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学数据挖掘新算法——DeepST

Nucleic Acids Res：空间转录组学数据挖掘新算法——DeepST

研究团队研发了基于深度学习的空间域识别技术（DeepST）。DeepST使用预先训练好的深度神经网络模型从组织形态学信息（H&E染色图片）中提取图像特征，然后将提取的特征与基因表达和空间位置数据集成，

测序中国 - 数据挖掘，算法，空间转录组学 - 2022-10-24

<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学方法EEL FISH：可实现高复用、高<font color="red">空间</font>通量和高分辨的原位单细胞分析

空间转录组学方法EEL FISH：可实现高复用、高空间通量和高分辨的原位单细胞分析

大脑是一个高度结构化的器官，包含多种细胞类型，具有复杂的空间模式组织。目前研究分析这些不同细胞类型之间的组织和空间关系仍具有挑战性。

测序中国 - 空间转录组学方法，高空间通量，高分辨的原位单细胞分析 - 2022-11-13

Nat Neurosci：张毅等利用<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font><font color="red">技术</font>绘制小鼠前额叶皮层全新细胞图谱，并解析疼痛相关细胞

Nat Neurosci：张毅等利用空间转录组技术绘制小鼠前额叶皮层全新细胞图谱，并解析疼痛相关细胞

使用MERFISH (multiplexed error-robust FISH) 空间转录组技术【3】构建了小鼠前额叶皮层和其附近皮层的细胞图谱，系统的研究了不同神经细胞亚型的分布特征和分子组成，并

brainnew神内神外 - 疼痛，前额叶皮层，张毅，空间转录组技术 - 2023-11-04

Nature：<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

Nature：空间转录组学开辟记忆编码新视角：长期恐惧记忆的分子地图

研究员通过高分辨率的空间和单细胞转录组学分析，研究者能够在分子和细胞层面上阐明BLA在长期记忆中的作用。

生物探索 - 长期记忆，BLA，空间转录组学 - 2024-02-13

Nature：基于<font color="red">空间</font>分辨<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学分析良、恶性组织拷贝数状态，揭示全基因<font color="red">组</font>CNV的独特克隆模式

Nature：基于空间分辨转录组学分析良、恶性组织拷贝数状态，揭示全基因组CNV的独特克隆模式

研究团队对前列腺器官进行了深入的空间分析，生成了一个前所未有的图谱，包含单个患者多达50000个组织结构域以及10个患者约120000个组织结构域。

测序中国 - 全基因组，克隆模式 - 2022-08-28

SPATA：基因集驱动的<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font>组分析框架

SPATA：基因集驱动的空间转录组分析框架

SPATA -

简书 - 生物信息学，空间转录组 - 2021-02-06

Science：开发出TT-Seq<font color="red">技术</font>绘制人类瞬时<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>图谱

Science：开发出TT-Seq技术绘制人类瞬时转录组图谱

基因之间的序列长期以来被视为“垃圾DNA”，我们如今知道它们也发挥着至关重要的功能。这些DNA区域发生的突变能够严重地对人类发育造成损害，而且可能在生命后期导致严重疾病。然而，在此之前，调节性DNA序列一直很难发现。如今，在一项新的研究中，德国慕尼黑理工大学计算生物学教授Julien Gagneur团队和德国马克斯普朗克生物物理化学研究所教授Patrick Cramer团队如今开发出一种方法可

生物谷 - TT-Seq技术，人类瞬时转录 - 2016-06-04

<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>学新方法FISHnCHIPs可准确映射细胞类型

空间转录组学新方法FISHnCHIPs可准确映射细胞类型

研究团队提出了一种灵敏、稳健、可扩展的空间转录组学方法“FISHnCHIPs”，可对细胞类型和基因表达程序进行原位分析。

测序中国 - 空间转录组学，FISHnCHIPs - 2024-04-15

Nat Biotechnol：单细胞和<font color="red">空间</font><font color="red">转录</font><font color="red">组</font>的高分辨率比对方法CytoSPACE，可重建复杂组织

Nat Biotechnol：单细胞和空间转录组的高分辨率比对方法CytoSPACE，可重建复杂组织

CytoSPACE是一个通过全局优化来分析单细胞和空间转录组的工具。与其他方法不同，CytoSPACE确保全局最优的单细胞比对。

测序中国 - 空间转录组，CytoSPACE - 2023-03-29

Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/高月团队开发<font color="red">空间</font>解卷积算法Bulk2Space，将Bulk<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>重构至单细胞<font color="red">空间</font>分辨率

Nature子刊 | 范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space，将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率

Bulk2Space具有很好的生物学和临床应用前景，包括揭示细胞的空间特异性变异，发现新基因的空间表达模式，实现更精细的细胞聚类，预测分子疾病进展的潜在机制等。

测序中国 - Bulk2Space，Bulk转录组，单细胞空间分辨率 - 2022-11-26

Nature子刊：范骁辉/陈华钧/高月团队开发<font color="red">空间</font>解卷积算法Bulk2Space，将Bulk<font color="red">转录</font><font color="red">组</font>重构至单细胞<font color="red">空间</font>分辨率

Nature子刊：范骁辉/陈华钧/高月团队开发空间解卷积算法Bulk2Space，将Bulk转录组重构至单细胞空间分辨率

与RCTD、SpatialDWLS、stereoscope和SPOTlight等传统空间解卷积算法不同，Bulk2Space可以基于批量RNA-seq生成空间分辨的单细胞转录组学数据。

测序中国 - 单细胞，空间分辨率 - 2022-11-24

单细胞转录组研究进展

   单细胞转录组分析以单个细胞为特定研究对象，提取mRNA进行逆转录、放大和高通量测序分析，能揭示该细 胞内整体水平的基因表达状态和基因结构信息，准确反映细胞间的异质性，深入理解其基因型和表型之间的相互关系，在发育生物学、基础医学、临床诊断和药物开 发等领域都发挥重要作用．本文主要介绍了单细胞转录组分析的特点和技术发展历史以及常用研究策略和不同技术的优缺点，并就其面临挑战

生物化学与生物物理学进展 - 转录组，单细胞转录组 - 2014-01-03

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