IBD:细菌组成和功能可预测小儿克罗恩病的单一肠内营养治疗后持续缓解情况

背景

肠道微生物组通过影响单一肠内营养（EEN）的疗效而广泛参与小儿克罗恩病（CD）患者的缓解情况。在这项对接受EEN治疗的小儿CD患者的随访研究中，研究人员采用在基线肠道微生物组数据上训练的机器学习模型来区分达到和持续缓解（SR）的患者与未实现缓解（非SR）或复发的患者。

方法

研究人员从22位患者（8至15岁）中总共采集了139个粪便样本，随访时间长达96周。通过16S rRNA基因测序评估肠道微生物组分类，并通过宏基因组测序评估菌群的功能。使用多样性和分类学的标准指标来量化SR和非SR患者之间的差异，并将肠道微生物变化与粪钙卫蛋白（FCP）以及疾病的严重程度相关联。除了随机森林（RF）模型中的临床元数据外，研究人员还使用了微生物数据集来对治疗反应进行分类并预测FCP水平。

结果

使用EEN后微生物多样性没有变化，但低FCP样品（<250 µg / g）的物种丰富度较低。使用微生物丰度，物种丰富度和巴黎疾病分类的RF模型最能分类治疗反应（曲线下面积[AUC] = 0.9）。KEGG Pathways还通过添加相同的临床数据（AUC = 0.8）对治疗反应进行了显着分类。RF模型的主要特征与先前确定的IBD分类群一致，如Ruminococcaceae和Ruminococcus gnavus菌群。

结论

本项研究表明不同的基线微生物组和临床数据可以用来区分接收单一肠内营养治疗后患儿的临床缓解情况。

原始出处：

Casey M A Jones. Et al. Bacterial Taxa and Functions Are Predictive of Sustained Remission Following Exclusive Enteral Nutrition in Pediatric Crohn’s Disease.Inflammatory Bowel Diseases.2020.

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