Blood：PU.1编码基因所在染色质区域的动态三维结构
中心点：PU.1编码基因的空间染色质结构，在髓系分化过程中动态重构，在AML中被破坏。PU.1自动调节启动空间重构，并招募LDB1来稳定PU.1基因调控DNA元件之间所形成的染色质环。摘要：基因表达的表观遗传调控发生在被称为拓扑关联域(TADs)的离散空间染色体单元内，但大多数基因的精确的空间要求尚未明确；该点对与癌症相关的基因特别有意义。Daniel Schuetzmann等人采用高分辨率的染色
MedSci原创 - PU.1，三维结构，拓扑关联域，LDB1 - 2018-10-14
Nat Methods：利用ATAC-see技术可视化观察易接近的染色质
在有限的细胞核空间中，基因组的大部分是紧密折叠的，仅留下需要转录的部分是易接近的。美国斯坦福大学的Howard Chang说，人们有“巨大的兴趣”来确定一个给定的细胞类型中哪些基因组区域是有活性的。这正是Chang开发一种被称作ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing, 利
生物谷 - ATAC-see技术 - 2017-01-09
PNAS：通过胞外菌网形成所释放的染色质导致癌症患者血栓
最近一项研究表明染色质通过中性粒细胞形成的胞外菌网释放到血液中是导致凝血和血栓的主要原因。研究人员使用慢性粒细胞性白血病小鼠模型发现，恶性和非恶性嗜中性粒细胞更容易形成胞外菌网。
生物谷 - 癌症，血栓，胞外菌网，染色质 - 2012-07-27
Cell：重磅发现，染色质是一种凝胶，有助于解释癌症的扩散
文章指出，凝聚的染色质以固体状态存在，其性质可以抵抗外力，并形成弹性凝胶，为染色质结合蛋白的液-液相分离提供支架。由此看来，把染色质看作一种凝胶，可以让我们更准确地理解基因组是如何编码和解码的。
Bio生物世界 - 癌症，染色质，癌症扩散 - 2020-12-31
cell stem cell：染色质重塑调控着胶质母细胞瘤的耐药性
胶质母细胞瘤（GBM）是最为常见的侵袭性脑肿瘤之一，也是星形细胞肿瘤中恶性程度最高的。目前，使用常规方法治疗GBM很难得到令人满意的效果。许多研究显示，胶质瘤干细胞（GSC）及其所处的免疫微环境的抑制状态是胶质母细胞瘤难以治疗的根源。因此，了解调控GSC增殖及耐药的分子机制将有助于为临床治疗找到新的途径。 近期，《cell stem cell》杂志上的相关研究表明当受到靶向激酶抑制剂作用时，
Medical Research - 胶质瘤，可逆性表观遗传转变 - 2017-01-05
Sci Rep：从染色质谱分析骨关节炎中异常的增强剂调节
由于技术上的困难，在OA中没有报道染色质谱，提供对基因调控的见解。 在这里，我们采用高转录测序（ATAC-seq）检测转座酶可及的染色质，以绘制OA患者关节膝关节软骨中可接近的染色质图谱。我们确定了软骨的109,215个可及的染色质
MedSci原创 - 2018-11-01
Sci Rep：组织特异性孕酮受体-染色质结合和孕酮依赖的基因表达调控
孕酮受体（PGR）通过组织特异性作用并行调控排卵、受精和胚胎植入，但是不同的PGR作用机制仍旧所知甚少。最近，有研究人员在小鼠颗粒细胞中使用PGR和H3K27ac的ChIP-seq分析和基因表达芯片分析鉴定分析了PGR活性情况。颗粒、子宫和输卵管PGR依赖基因比较分析表明了几乎所有PGR靶基因谱具有组织特异性。在颗粒细胞中，82%的确定过的PGR调控基因能够与PGR基因3kb以内结合，并且PGR结
MedSci原创 - 孕酮受体，生殖医学，子宫 - 2019-09-08
Blood：染色质结合蛋白Phf6可限制造血干细胞自我更新
在各种血液病恶性肿瘤中，在X-连锁的PHF6基因上发现重复性的失活突变；PHF6基因编码一种染色质结合转录调节蛋白。但PHF6在正常造血中的作用以及其对肿瘤的抑制作用尚未完全明确。
MedSci原创 - 染色质结合蛋白，造血干细胞，自我更新，恶性血液肿瘤 - 2019-04-14
Nature：科学家揭示染色质如何指导DNA修复 为开发癌症治疗药物提供新契机
一直以来，来自哥本哈根大学的Anja Groth教授以及她的研究团队对人体内多种特定细胞类型的发育和维持进行了大量研究，最近他们又取得了新的突破性进展，并将研究结果发表在国际学术期刊Nature上。Anja Groth教授对他们的工作进行了这样的总结：“在这项研究中，我们证明了细胞如何通过组蛋白修饰指引一种细胞内DNA修复蛋白到达DNA损伤位置。癌细胞快速分裂的过程中会产生许多DNA损
生物谷 - 癌症染色质，DNA修复 - 2016-06-25
CELL：颠覆传统观念，染色质拓扑变化可抑制结直肠癌的恶性进展
最近，研究人员在CELL杂志发文，将结肠肿瘤和正常结肠的拓扑图与表观遗传学、转录和成像数据整合在一起，以表征染色质环、拓扑相关域和大规模隔室的改变。
MedSci原创 - 结直肠癌，拓扑学 - 2020-08-25
GENOME BIOLOGY：scIBD用于增强单细胞染色质可及性测序中异型双联体的检测
scIBD 引入了一种自适应策略来模拟高置信度异型双联体，并以迭代优化的方式自我监督双联体检测。对各种模拟和真实数据集的全面基准测试证明了 scIBD 的卓越性能和稳健性。
MedSci原创 - 单细胞染色质，单细胞染色质可及性测序技术，scIBD，异型双联体 - 2023-10-11
PNAS：复旦大学王应祥团队揭示减数分裂异染色质浓缩的分子机制
该研究揭示了多面手DNA聚合酶POLε参与减数分裂异染色质形成的分子机制，证明其参与DNA合成的同时，可能通过催化亚基POL2A的C端识别并参与组装组蛋白H3.1-H4形成核小体。
复旦大学 - 真核生物，减数分裂 - 2022-10-24
Nature：组蛋白H1缺失破坏染色质3D结构，驱动淋巴瘤发展
研究人员还确立了H1作为一种真正的肿瘤抑制因子，并表明H1的突变主要通过三维基因组重组驱动恶性转化，从而导致表观遗传学重编程和发育沉默基因的去抑制。
MedSci原创 - 淋巴瘤，基因组 - 2020-12-10
Cell | 染色质激活或抑制状态决定了核小体分离的差异性
染色质结构通过促进或抑制该结构的转录可以控制基因组的功能和细胞身份认定。这些染色质结构中存在特定的组蛋白翻译后修饰（posttranslational modifications，PTMs），它们与特定转录状态相关，并可促进抑制性染色体结构的形成，影响基因的表达。为了在细胞分裂时依然保持基因表达程序的完整性，决定染色质结构的分子特征也需要在子代细胞中建立。建立不同类型染色质状态的重要决定因素是
BioArt - 染色质，激活，抑制状态，核小体分离，差异性 - 2019-11-04
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