病毒基因组自动化鉴定云平台上线

2020-02-17 佚名 中国科学报

日前,中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院上海营养与健康研究所共同开发,华为提供云计算技术支撑的病毒基因组自动化鉴定云平台(Virus Identification Cloud, VIC)在华为云正式上线。

日前,中国科学院上海巴斯德研究所、中国科学院上海营养与健康研究所共同开发,华为提供云计算技术支撑的病毒基因组自动化鉴定云平台(Virus Identification Cloud, VIC)在华为云正式上线。

该平台直接对接人体样本的 RNA 二代测序原始数据,具有对数据全自动质量控制、拼接和病毒组成分析等功能,可快速检测样本中可能存在的包括新型冠状病毒在内的各种病毒,并在线分析其相对载量。

据介绍,基于基因组分析结果,该平台可精准识别病毒基因特性,监测病毒变异趋势,在疫情防控、疾病诊治、药物筛选、疫苗设计与药物研发等工作中发挥不可替代的基础性的作用;也将支撑病毒溯源、变异进化、致病机理等研究工作。

VIC 平台实现了从病毒组基因组测序到基因组拼接与鉴定的 “一键式” 自动化服务,极大简化了操作流程。各医院只需上传病例原始数据至 VIC 网上平台,即可触发病毒基因分析流程,并获得该病例的全基因组分析结果。

VIC 分析结果不仅能为全面分析患者的呼吸道病毒组、研究其致病因子提供支撑,亦可助力临床诊断,为采取相应的治疗措施提供参考,同时还可监测病毒变异趋势,便于提前制定应对措施。

目前,上海市公共卫生临床中心、上海交通大学医学院附属瑞金医院作为平台的首批用户,已在 VIC 上完成了批量新型冠状病毒肺炎患者样本的基因组原始测序数据分析。



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