Ann Transl Med:分析与肿瘤免疫微环境相关的 m6A 相关特征并预测急性髓性白血病的存活率

2022-09-18 将军的九分裤 MedSci原创

背景:

以前的大多数研究都集中在肿瘤的内在致癌途径上。然而,关于 N6-甲基腺苷 (m6A) 甲基化在肿瘤免疫微环境 (TIME) 中的潜在作用知之甚少。为了更好地诊断和治疗急性髓性白血病 (AML),一研究团队试图检查 AML 病例中 m6A 调节因子与免疫浸润之间的相关性。同时,构建了一个预后模型来预测AML的存活率。

研究团队从癌症基因组图谱 (TCGA) 数据库中提取数据,包括核糖核酸测序 (RNA-seq) 转录组数据和 AML 患者相应临床特征的数据。确定了两种具有不同临床结果的 m6A 修饰模式,并发现它们之间存在显着关系。同时发现与肿瘤免疫微环境相关的不同 m6A 簇 [免疫细胞类型和使用表达数据 (ESTIMATE) 算法估计恶性肿瘤组织中的 STromal 和免疫细胞] 密切相关。接下来,他们进行了 Lasso(最小绝对收缩和选择算子)Cox 回归,以在 2-m6A 调节器 TCGA 数据集中构建预测模型,以进一步探索 AML 中的 m6A 预后特征,并进行相关性验证。

图1:AML患者与正常个体之间差异表达基因的5个M6A相关标志物。(A) 单因素 Cox 回归分析。(B) AML 中相关差异表达基因的表达。(C) AML 中相关基因的热图。AML,急性髓性白血病。

 

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图2:AML患者的共识聚类分析。(A) 共识 CDF 图。此图说明了每个 k(按颜色分层)的共识矩阵的 CDF 图。(B) 三角洲区域图。该图显示了从 k-1 变为 k 后聚类共识的相对增加。AML,急性髓性白血病;CDF,累积分布函数;PAC,模糊聚类的比例。
 
 
 
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图3:基于 m6A 的预后模型在按 AML 亚组分层的患者中的预后价值。(A) 训练集的 LASSO 回归分析。(B) 惩罚项的交叉验证图。(C) AML 患者训练集的 KM 曲线。(D) AML 患者验证集的 KM 曲线。(E) 时间依赖性 ROC 曲线显示了基于 m6A 的预后模型在 AML 患者训练集中的预测效率。(F) 时间依赖性 ROC 曲线显示基于 m6A 的预后模型在 AML 患者验证集中的预测功效。AML,急性髓性白血病;LASSO,最小绝对收缩和选择算子;公里,卡普兰-迈尔;ROC,接收器操作特性;AUC,曲线下面积
 
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图4:AML患者临床参数及OS预后分析。(A) AML 患者训练集的单变量回归分析。(B) AML 患者训练集的多元回归分析。(C) AML 患者验证集的单变量回归分析。(D) AML 患者验证集的多元回归分析。(E) KM 曲线显示年龄≤65 岁高危或低危 AML 患者的 OS。(F) KM 曲线显示 65 岁以上高危或低危 AML 患者的 OS。(G) KM 显示高危或低危男性 AML 患者的 OS。(H) KM 曲线显示高危或低危女性 AML 患者的 OS。AML,急性髓性白血病;OS,总生存期
 
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图5:风险评分与 AML 中免疫细胞浸润的关联。(A) 风险评分与静息 CD4 记忆细胞之间的相关性。(B) 风险评分与 CD8 T 细胞之间的相关性。(C) 风险评分与 M2 巨噬细胞之间的相关性。(D) 风险评分与 B 细胞记忆之间的相关性。(E) 风险评分与嗜酸性粒细胞之间的相关性。AML,急性髓性白血病。

研究团队通过 AML 中重要 m6A 调节因子的一致聚类确定了 2 个分子亚型(聚类 1 和 2)。Cluster 2与较高的免疫评分和明显的免疫细胞浸润相关,因此Cluster 2患者的预后比Cluster 1患者差(P<0.05)。此外,筛选代表 AML 中独立预后因素的 2 个 m6A 相关特征,以构建预后风险评分模型。团队发现低风险评分患者的免疫评分高于高风险评分患者(P<0.05)。

总的来说,这项研究阐明了 m6A 甲基化在 AML 时间中的重要作用。且研究团队使用与 TIME 相关的 m6A 相关特征构建了一个预后模型,以预测 AML 患者的存活率。与 TIME 相关的 m6A 相关特征的变化不仅反映了疾病进展,而且可能是提高 AML 免疫治疗疗效的有希望的治疗靶点。

 

原始出处:

Yuan S, Cong Z, Ji J, Zhu L, Jiang Q, Zhou Y, Shen Q, Damiani D, Xu X, Li B. Analysis of m6A-related signatures associated with the tumor immune microenvironment and predict survival in acute myeloid leukemia. Ann Transl Med. 2022 Aug;10(16):902. doi: 10.21037/atm-22-3858. PMID: 36111007; PMCID: PMC9469131.

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